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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请求高手指点：玉米基因启动子序列查找、特定基因上游序列获得方法
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fanwq258

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-30 20:16:50
玉米基因组已经测序完成，进数据库中找就行了。maize GDB
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
11楼2014-05-30 18:58:52
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农田耕者

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by fanwq258 at 2014-05-30 18:58:52
玉米基因组已经测序完成，进数据库中找就行了。maize GDB

具体操作方法呢
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还行
12楼2014-05-31 09:29:42
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fanwq258

木虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 农田耕者 at 2014-05-31 09:29:42
具体操作方法呢...

把你的序列在数据库中blast，就能找到相应的染色体位置，以及前后的所有序列。
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
13楼2014-05-31 10:33:04
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grase

捐助贵宾 (职业作家)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 农田耕者 at 2014-05-30 17:01:23
有没有具体的操作方法，指点一下...

上面都有啊，看一下就ok了。
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14楼2014-06-03 08:40:57
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profax

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-29 16:52:45
用你的基因在玉米基因组中做blast，找到匹配区后，往前延2000bp就是你的启动子序列。

你好！在往前延伸的时候发现该基因上游2000bp内有另外一个基因，且转录方向和该基因相反的，也就是说两个基因的上游序列是同一段序列？还有，这个2000bp内包含另一个基因，分析的时候有影响吗？谢谢回复啦
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15楼2015-01-27 04:39:42
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红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

http://blast.maizegdb.org/home.php?a=BLAST_UI
Maize GDB上
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16楼2015-01-27 10:04:15
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by profax at 2015-01-27 04:39:42
你好！在往前延伸的时候发现该基因上游2000bp内有另外一个基因，且转录方向和该基因相反的，也就是说两个基因的上游序列是同一段序列？还有，这个2000bp内包含另一个基因，分析的时候有影响吗？谢谢回复啦...

关于这个，我只知道基本理论，没有深入了解过。不过我觉得两个基因上游序列在同一段双链上应该是合理的，因为是不同的链。另外，2000bp并不是绝对的，有的基因的启动子区就几百bp，所以你这两个基因启动子区也未必就共用序列。
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17楼2015-01-27 13:00:50
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