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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请求高手指点：玉米基因启动子序列查找、特定基因上游序列获得方法
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农田耕者

金虫 (小有名气)

[求助] 请求高手指点：玉米基因启动子序列查找、特定基因上游序列获得方法 已有5人参与

知道了玉米的某一个基因，我现在想了解它的上游序列是什么？请问我如何获得该基因上游启动子区域（起始密码子上游2000bp左右）的序列。请求高手指点一二。
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还行
1楼 2014-05-29 15:37:33
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by profax at 2015-01-27 04:39:42
你好！在往前延伸的时候发现该基因上游2000bp内有另外一个基因，且转录方向和该基因相反的，也就是说两个基因的上游序列是同一段序列？还有，这个2000bp内包含另一个基因，分析的时候有影响吗？谢谢回复啦...

关于这个，我只知道基本理论，没有深入了解过。不过我觉得两个基因上游序列在同一段双链上应该是合理的，因为是不同的链。另外，2000bp并不是绝对的，有的基因的启动子区就几百bp，所以你这两个基因启动子区也未必就共用序列。
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17楼2015-01-27 13:00:50
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
农田耕者(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-29 20:35:27
用你的基因在玉米基因组中做blast，找到匹配区后，往前延2000bp就是你的启动子序列。
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2楼2014-05-29 16:52:45
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农田耕者

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-29 16:52:45
用你的基因在玉米基因组中做blast，找到匹配区后，往前延2000bp就是你的启动子序列。

能不能再详细一点点，最好有如何往前延伸2000bp的操作步骤
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还行
3楼2014-05-29 18:54:31
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飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
到这里找，NCBI blast 一下就哦了
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
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人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。
4楼2014-05-29 19:14:52
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