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泡菜肉丝

新虫 (正式写手)

[求助] PCR小片段出不来 已有2人参与

最近新订两对了引物,做PCR,四百多的条带出来了,一百多的条带怎么也出不来,试过梯度的,也没出来,模版和四百多的是一样的,只不过P的片段不一样,理论上很好P的呀,所以纠结了,求指点,谢谢。
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
泡菜肉丝(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-10 22:11:39
可以尝试调节一下退火温度和延伸时间,另外配胶时可以增加琼脂糖浓度试一下。
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
2楼2014-05-10 21:21:03
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泡菜肉丝

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 天使托 at 2014-05-10 21:21:03
可以尝试调节一下退火温度和延伸时间,另外配胶时可以增加琼脂糖浓度试一下。

嗯,温度调整过了,没用,其他试试吧,谢谢
3楼2014-05-10 21:22:49
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mehongyu

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-06-01 16:55:36
确定引物序列的准确性了吗?照常理来说100多的不可能出不来,或者是不是胶浓度太低,片段和引物二聚体没有分开。
4楼2014-05-13 16:06:07
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泡菜肉丝

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by mehongyu at 2014-05-13 16:06:07
确定引物序列的准确性了吗?照常理来说100多的不可能出不来,或者是不是胶浓度太低,片段和引物二聚体没有分开。

嗯,序列没有问题,可是在100bp以下有淡淡的条带,应该是引物二聚体,1%的胶,胶浓度有很大影响吗?一点点都看不到。下次试下2%的看看吧。谢谢
5楼2014-05-13 16:46:45
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泡菜肉丝

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by mehongyu at 2014-05-13 16:06:07
确定引物序列的准确性了吗?照常理来说100多的不可能出不来,或者是不是胶浓度太低,片段和引物二聚体没有分开。

你好 ,我又做了一遍,2%的胶检测的,只有二聚体没有目的片段,温度梯度试过了,请问还能怎么改变下条件?
6楼2014-05-14 17:07:07
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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 泡菜肉丝 at 2014-05-14 17:07:07
你好 ,我又做了一遍,2%的胶检测的,只有二聚体没有目的片段,温度梯度试过了,请问还能怎么改变下条件?...

目的片段的GC含量怎样?用GC buffer扩过了吗?

实在没办法,只能尝试巢式PCR了。
7楼2014-05-14 18:16:08
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泡菜肉丝

新虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2014-05-14 18:16:08
目的片段的GC含量怎样?用GC buffer扩过了吗?

实在没办法,只能尝试巢式PCR了。...

GC含量是43%,没用过这个buffer,试一下吧,谢谢呵呵
8楼2014-05-14 22:04:38
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