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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » gene库里面没有包含的种属---如何设计引物
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kindbigbear0

木虫 (正式写手)

[求助] gene库里面没有包含的种属---如何设计引物 已有1人参与

因为需要做兔的cd90检测，但是genebank查到的只有人、猪、鼠、蛙类，没有兔
该如何选择基因序列，然后设计引物呢？
请教这种情况各位是如何处理的呢？
每种都尝试一下？太耗时间了吧
有其它解决办法么？
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1楼 2014-04-01 10:17:03
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kindbigbear0(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励热心回帖交流 2014-04-01 13:19:57
kindbigbear0: 金币+1, ★★★★★最佳答案, 高手，可否给出更为详细的操作步骤？你给的链接点开提示错误。感谢！ 2014-05-05 13:17:32
找EST去嘛
人跟兔还是很近的
直接拿人的mRNA序列去兔的基因组里面做blat
然后选择匹配最高的
结果万能的UCSC已经显示这段就是人的THY1了
下面很配合的也有好几条兔的EST
选那个最长的
应该差不多了，就这么点，够你设计引物的了

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/EB373833
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/h ... amp;table=intronEst
gene库里面没有包含的种属---如何设计引物
QQ截图20140401103221.png


gene库里面没有包含的种属---如何设计引物-1
QQ截图20140401103347.png
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2楼2014-04-01 10:36:17
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kindbigbear0

木虫 (正式写手)
感谢牛人热心帮助！
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3楼2014-05-05 13:08:53
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