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NIFENGGAOHUI金虫 (初入文坛)
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[求助]
NAMD生成psf 求助 已有1人参与
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请帮小弟指点迷津： 我现在在用NAMD模拟分子，分子是蛋白质，在网上能找到pdb 文件，下一步是 要生成psf文件才能溶解的水里。 在生成psf文件时，用的 topology 文件是top_all27_prot_lipid.inp 然后在我执行到segment U 的这一命令时，回馈如下， segment U {pdb chlp.pdb} psfgen) building segment U psfgen) reading residues from pdb file chlp.pdb psfgen) extracted 36 residues from pdb file psfgen) Info: generating structure...psfgen) Info: skipping improper N-C-CA-HN at beginning of segment. psfgen) Info: skipping conformation C-N-CA-C at beginning of segment. psfgen) Info: skipping conformation C-CA-N-HN at beginning of segment. psfgen) Info: skipping bond C-N at end of segment. psfgen) Info: skipping improper C-CA-N-O at end of segment. psfgen) Info: skipping conformation CA-C-N-CA at end of segment. psfgen) Info: skipping conformation N-CA-C-O at end of segment. psfgen) Info: skipping conformation N-CA-C-N at end of segment. segment complete. 请问这可以忽略吗？ 在继续执行命令 coordpdb chlp.pdb U psfgen) reading coordinates from pdb file chlp.pdb for segment U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H1 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H2 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H3 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HB3 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HG3 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H CYS:2 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HB3 CYS:2 U ---------- ----- 最后生成的psf 文件感觉怪怪的，不知到怎么修改这个，求助高手指点，先谢谢各位的帮组。 |
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2楼2014-03-26 19:23:38
NIFENGGAOHUI
金虫 (初入文坛)
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- 性别: GG
- 专业: 有机高分子功能材料
3楼2014-03-31 07:12:01
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