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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD生成psf 求助
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NIFENGGAOHUI

金虫 (初入文坛)

[求助] NAMD生成psf 求助 已有1人参与

请帮小弟指点迷津：
我现在在用NAMD模拟分子，分子是蛋白质，在网上能找到pdb 文件，下一步是 要生成psf文件才能溶解的水里。
在生成psf文件时，用的 topology 文件是top_all27_prot_lipid.inp   
然后在我执行到segment U 的这一命令时，回馈如下，
segment U {pdb chlp.pdb}
psfgen) building segment U
psfgen) reading residues from pdb file chlp.pdb
psfgen) extracted 36 residues from pdb file
psfgen) Info: generating structure...psfgen) Info: skipping improper N-C-CA-HN at beginning of segment.
psfgen) Info: skipping conformation C-N-CA-C at beginning of segment.
psfgen) Info: skipping conformation C-CA-N-HN at beginning of segment.
psfgen) Info: skipping bond C-N at end of segment.
psfgen) Info: skipping improper C-CA-N-O at end of segment.
psfgen) Info: skipping conformation CA-C-N-CA at end of segment.
psfgen) Info: skipping conformation N-CA-C-O at end of segment.
psfgen) Info: skipping conformation N-CA-C-N at end of segment.
segment complete.
请问这可以忽略吗？
在继续执行命令
coordpdb chlp.pdb U
psfgen) reading coordinates from pdb file chlp.pdb for segment U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H1         MET:1          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H2         MET:1          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H3         MET:1          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HB3         MET:1          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HG3         MET:1          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H         CYS:2          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HB3         CYS:2          U
----------
-----
最后生成的psf 文件感觉怪怪的，不知到怎么修改这个，求助高手指点，先谢谢各位的帮组。
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1楼 2014-03-26 06:48:13
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-26 20:34:03
NIFENGGAOHUI: 金币+5, ★有帮助 2014-03-31 07:05:35
1、蛋白质的PDB文件，建议你直接去PDB库里下载，那里的标准一些
2、你的问题是什么？“最后生成的psf 文件感觉怪怪的”，你打算论坛里出个大仙儿隔空观物给你找出问题在哪里？

3、出差的提示都是关于氢原子的，也许你应该从这里入手查找原因
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-26 19:23:38
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NIFENGGAOHUI

金虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-31 17:05:32
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-03-26 19:23:38
1、蛋白质的PDB文件，建议你直接去PDB库里下载，那里的标准一些
2、你的问题是什么？“最后生成的psf 文件感觉怪怪的”，你打算论坛里出个大仙儿隔空观物给你找出问题在哪里？

3、出差的提示都是关于氢原子的， ...

psfgen) Info: generating structure...psfgen) Info: skipping improper N-C-CA-HN at beginning of segment.
psfgen) Info: skipping conformation C-N-CA-C at beginning of segment.
为什么会出现这种情况？ 严重乎？
怎么入手，去那一个文件查看？
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-31 07:12:01
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