| 查看: 3785 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
Gromacs能量最小化问题 已有1人参与
|
||
|
有请高人指点！！！ 我运行的是CaO8个晶胞的能量最小化，以下是运行gromacs是遇到的问题： NOTE 1 [file CaO8.top, line 24]: System has non-zero total charge: 2.000000e+00 processing coordinates... double-checking input for internal consistency... renumbering atomtypes... converting bonded parameters... initialising group options... processing index file... Analysing residue names: There are: 1 Other residues Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Making dummy/rest group for Acceleration containing 125 elements Making dummy/rest group for Freeze containing 125 elements Making dummy/rest group for Energy Mon. containing 125 elements Making dummy/rest group for VCM containing 125 elements Number of degrees of freedom in T-Coupling group System is 372.00 Making dummy/rest group for User1 containing 125 elements Making dummy/rest group for User2 containing 125 elements Making dummy/rest group for XTC containing 125 elements Making dummy/rest group for Or. Res. Fit containing 125 elements Making dummy/rest group for QMMM containing 125 elements T-Coupling has 1 element(s): System Energy Mon. has 1 element(s): rest Acceleration has 1 element(s): rest Freeze has 1 element(s): rest User1 has 1 element(s): rest User2 has 1 element(s): rest VCM has 1 element(s): rest XTC has 1 element(s): rest Or. Res. Fit has 1 element(s): rest QMMM has 1 element(s): rest Checking consistency between energy and charge groups... Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 36x36x36, spacing 0.222 0.222 0.222 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.86 NOTE 2 [file em.mdp]: The optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5 and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33, for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing This run will generate roughly 0 Mb of data writing run input file... [ Last edited by wjf12 on 2014-3-11 at 16:41 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
电气专硕320求调剂
已经有5人回复
-
一志愿西北工业大学289 085602
已经有33人回复
-
一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂
已经有24人回复
-
268分085602化学工程调剂
已经有28人回复
-
化学工程调剂289
已经有50人回复
-
求调剂，262机械专硕
已经有8人回复
-
305求调剂
已经有6人回复
-
327求调剂
已经有5人回复
-
347求调剂
已经有4人回复
-
272分材料子求调剂
已经有47人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- grompp时的warning，怎么解决这个group的问题
已经有5人回复
- gromacs 模拟出现周期性问题
已经有6人回复
- AutoDock怎么分析大分子与小分子之间的结合能
已经有7人回复
- gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能
已经有12人回复
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
已经有6人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 为什么要进行能量最小化？
已经有7人回复
- 分子能量最小化的软件有哪些？
已经有6人回复
- gromacs运行出错
已经有3人回复
- 【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析
已经有8人回复
- 【求助】modeller同源建模结果选择
已经有10人回复
- 【求助】Gromacs运行出错
已经有4人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
- 【求助】水盒子问题
已经有17人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
- 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
已经有9人回复
- 【求助】structure factor S(q)的问题
已经有5人回复
3楼2014-03-11 19:02:22
2楼2014-03-11 17:03:10
4楼2014-03-14 20:09:44
5楼2014-03-16 20:14:59
