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赵文华110

银虫 (正式写手)

[求助] 如何能在优化后得到这样一个分子模型 已有1人参与

这是我画出的初始构型，但一经优化就闭环了
如何能在优化后得到这样一个分子模型
VD9[9EW98O@(`4SKUIT}0@3.jpg
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1楼 2014-03-05 20:41:42
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赵文华110

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hdb6522 at 2014-03-07 16:13:38
这个分子是柔性分子，当然会OPT闭环了，你冻结起来

冻结起来？不懂，对应在输入中的关键词是什么？谢谢指教
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我相信我就是我，我相信明天，我相信青春没有地平线
4楼2014-03-08 17:26:23
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赵文华110

银虫 (正式写手)
赵文华110: 回帖置顶 2014-03-06 16:36:32
这是一个氧化石墨经还原过后的结构，想要得到一个有缺陷的分子，即石墨环被破坏，中间缺失一个碳，形成缺陷，希望优化后的结构和初始设计想象。这是输入文件%nprocshared=8
%chk=308.chk
# opt hf/6-31g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                 -2.75662176   -1.42112108   -0.00044900
C                 -1.79784846   -2.43145733   -0.00044900
C                 -0.43357067   -2.11349205   -0.00044900
C                 -1.02253818    0.27262550   -0.00038100
C                 -2.37803562   -0.08064431   -0.00048400
C                  0.58753463   -3.12837833   -0.00038400
C                  1.35267240   -0.40693108   -0.00019200
C                  2.33627079   -1.42988361   -0.00015700
C                  1.90461298   -2.80331458   -0.00029500
C                  3.69184318   -1.07658817    0.00000000
H                  4.45849192   -1.86577353   -0.00003200
C                  4.07039509    0.26382442    0.00015100
C                  3.11157568    1.27420926    0.00017800
C                  1.74735889    0.95625088   -0.00003000
C                  0.72619748    1.97112801   -0.00024000
C                 -0.59086376    1.64606948   -0.00039500
H                 -1.36879444    2.42508220   -0.00091800
H                  1.05226322    3.02266206   -0.00015800
H                  0.26133205   -4.17984371   -0.00068000
H                 -3.82504496   -1.68475874   -0.00071200
H                 -2.10929247   -3.48668748   -0.00054300
H                 -3.14464173    0.70854842   -0.00086400
H                  2.68245151   -3.58238855   -0.00058200
H                  5.13881521    0.52758736    0.00012600
H                  3.42312571    2.32943663    0.00019600

1 2 1.5 5 1.5 20 1.0
2 3 2.0 21 1.0
3 6 1.5
4 5 2.0 16 1.5
5 22 1.0
6 9 2.0 19 1.0
7 8 2.0 14 2.0
8 9 1.0 10 1.0
9 23 1.0
10 11 1.0 12 1.5
11
12 13 1.5 24 1.0
13 14 1.0 25 1.0
14 15 1.0
15 16 2.0 18 1.0
16 17 1.0
17
18
19
20
21
22
23
24
25
但优化后的构型为
如何能在优化后得到这样一个分子模型-1
)ESCH9P[D(I`YGZ7))O6RY0.jpg
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我相信我就是我，我相信明天，我相信青春没有地平线
2楼2014-03-05 20:52:59
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hdb6522

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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赵文华110: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-08 17:26:20
赵文华110: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-03-10 16:09:50
这个分子是柔性分子，当然会OPT闭环了，你冻结起来
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fly to sky
3楼2014-03-07 16:13:38
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赵文华110

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hdb6522 at 2014-03-07 16:13:38
这个分子是柔性分子，当然会OPT闭环了，你冻结起来

谢谢提点，我已经弄明白了
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5楼2014-03-10 16:10:40
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