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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Abinit » 关于晶体优化问题
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gynan2008

金虫 (正式写手)

[求助] 关于晶体优化问题

有两个问题：
①in文件中晶体的晶格参数为
ngkpt  3  3  4   # Number of k-points
chksymbreak 0
acell  7.885  7.885  6.727  Angstroms  
angdeg  90  90  120
chkprim    0
spgroup   160                              
brvltt    -1
natrd      5                              
xred      0.796740  0.203260  0.744830                              
          0.000000  0.000000  0.000000
          0.000000  0.000000  0.234010
          0.540530  0.459470  0.849360
          0.560330  0.439670  0.272960
而out文件输出的结果却默认为1.0000000000 1.0000000000  1.0000000000Bohr
......
outvars: echo values of preprocessed input variables --------
acell    1.0000000000E+00  1.0000000000E+00  1.0000000000E+00 Bohr
               amu    6.97230000E+01  3.09737620E+01  1.59994000E+01
      chksymbreak         0
           diemac    9.00000000E+00
             ecut    3.70000000E+01 Hartree
           enunit         2
           jdtset      1    2    3    4    5    6    7    8    9   10
                      11   12   13   14   15
              kpt    1.66666667E-01  1.66666667E-01  1.25000000E-01
                     5.00000000E-01  1.66666667E-01  1.25000000E-01
                    -1.66666667E-01  1.66666667E-01  1.25000000E-01
                     5.00000000E-01  5.00000000E-01  1.25000000E-01
                    -1.66666667E-01  5.00000000E-01  1.25000000E-01
                    -1.66666667E-01 -1.66666667E-01  1.25000000E-01
                     1.66666667E-01  1.66666667E-01  3.75000000E-01
                     5.00000000E-01  1.66666667E-01  3.75000000E-01
                    -1.66666667E-01  1.66666667E-01  3.75000000E-01
                     5.00000000E-01  5.00000000E-01  3.75000000E-01
                    -1.66666667E-01  5.00000000E-01  3.75000000E-01
                    -1.66666667E-01 -1.66666667E-01  3.75000000E-01
          kptrlen1   2.87631709E+01
          kptrlen2   2.87651665E+01
          kptrlen3   2.87671621E+01
......
②计算另外一个晶体时，用的同样的方式，但是out文件的acell没有变成上面的情况，但是根据文献输入晶体的原子位置
计算过程中说是第1个原子和第17个原子的位置重合，在MS中建模利用CAstep模块refine crystal以后，是23个原子，但这23个原子的位置写入abinit的in文件中显然是不对的，难道要根据MS中的原子位置写进in文件中么，可并不是标准的24个原子，这种情况应该怎么办？

求高手指点不胜感激！

[ Last edited by gynan2008 on 2013-3-13 at 18:13 ]
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苔花如米小，也学牡丹开！
1楼 2013-03-13 18:12:11
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tangosnow

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gynan2008: 金币+5 2013-03-14 09:39:48
第一个问题， 在rprim里面
这两个问题，你给的信息太少，没人能帮你
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2楼2013-03-14 01:04:54
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gynan2008

金虫 (正式写手)
rpim不是可以用angdeg这个变量来代替么，如果不能应该怎样计算或是从什么网站查询呢？
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苔花如米小，也学牡丹开！
3楼2013-03-14 09:39:34
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gynan2008

金虫 (正式写手)
???????:
2?: Originally posted by tangosnow at 2013-03-14 01:04:54
????????? ??rprim????
??????????????????????????????

?????????in???????????
#Common input data
   chksymbreak 0
#Definition of the unit cell
#**********************************
   acell 2*4.90251 11.052620  Angstroms   #设置晶常??   angdeg 90  90  120
   chkprim  0
#Definition of the atoms
#*********************
   spgroup 152
   ntypat 3                              #原胞的原????类数??   znucl 31 15 8
   natom 24                           #原胞中总的原??数目
   brvltt -1
   natrd 4                                #读入的原??数目，就是晶?
   typat 1 2 3 3
   xred    0.4563320  0.0000000  0.3333300
           0.4565550  0.0000000  0.8333300
           0.4086518  0.3182717  0.3922150
           0.4093416  0.2732817  0.8718840      
kptopt   1       # Kpoint option ( default 0.0 )
ngkpt    2  2  4      # Number of k-points
nshiftk 1
shiftk 0.0 0.0 0.5    # These shifts will be the same for all grids


out????????????
-outvars: echo values of preprocessed input variables --------
            acell    9.4110251144E+00  9.4110251144E+00  2.0883363495E+01 Bohr
              amu    6.97230000E+01  3.09737620E+01  1.59994000E+01
      chksymbreak         0
           diemac    1.20000000E+01
             ecut1   8.00000000E+00 Hartree
             ecut2   1.10000000E+01 Hartree
             ecut3   1.40000000E+01 Hartree
             ecut4   1.70000000E+01 Hartree
             ecut5   2.00000000E+01 Hartree
             ecut6   2.30000000E+01 Hartree
             ecut7   2.60000000E+01 Hartree
             ecut8   2.90000000E+01 Hartree
           enunit         2
           jdtset      1    2    3    4    5    6    7    8
              kpt    0.00000000E+00  0.00000000E+00  1.25000000E-01
                     5.00000000E-01  0.00000000E+00  1.25000000E-01
                     0.00000000E+00  0.00000000E+00  3.75000000E-01
                     5.00000000E-01  0.00000000E+00  3.75000000E-01
          kptrlen    1.88220502E+01
         kptrlatt    2  0  0   0  2  0   0  0  4
P           mkmem         4
            natom        24
            nband        63
           ndtset         8
            ngfft1       24      24      54
            ngfft2       30      30      64
            ngfft3       32      32      72
            ngfft4       36      36      80
            ngfft5       40      40      90
            ngfft6       45      45      96
            ngfft7       45      45      96
            ngfft8       48      48     108
             nkpt         4
            nstep       200
             nsym         6
           ntypat         3
              occ    2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000
                     2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000
                     2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000
                     2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000
                     2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000
                     2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000
                     2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000
                     2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000
                     2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000
                     2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000  2.000000
                     0.000000  0.000000  0.000000
            rprim    1.0000000000E+00  0.0000000000E+00  0.0000000000E+00
                    -5.0000000000E-01  8.6602540378E-01  0.0000000000E+00
                     0.0000000000E+00  0.0000000000E+00  1.0000000000E+00
           shiftk    0.00000000E+00  0.00000000E+00  5.00000000E-01
          spgroup       152
           symrel    1  0  0   0  1  0   0  0  1      -1 -1  0   1  0  0   0  0  1
                     0  1  0   1  0  0   0  0 -1       0  1  0  -1 -1  0   0  0  1
                     1  0  0  -1 -1  0   0  0 -1      -1 -1  0   0  1  0   0  0 -1
            tnons    0.0000000  0.0000000  0.0000000     0.0000000  0.0000000 -0.3333333
                     0.0000000  0.0000000  0.0000000     0.0000000  0.0000000  0.3333333
                     0.0000000  0.0000000 -0.3333333     0.0000000  0.0000000  0.3333333
           toldfe    1.00000000E-09 Hartree
            typat    1  2  3  3  1  2  3  3  1  2  3  3  1  2  3  3  1  2  3  3
                     1  2  3  3
              wtk      0.12500    0.37500    0.12500    0.37500
           xangst    2.2725789932E+00  3.9068017476E-16  3.6836629830E+00
                     2.2736895555E+00  9.7670102292E-16  9.2091629830E+00
                     1.2426143826E+00  1.3726718231E+00  4.3343679650E+00
                     1.3580770051E+00  1.1786347619E+00  9.6351900840E+00
                     1.3537605034E+00  2.3447819732E+00  1.1050996316E+01
                     1.3532052223E+00  2.3438201980E+00  5.5254963163E+00
                     3.0575114786E+00  2.5504215794E+00  6.5070129833E-01
                     2.8317391431E+00  2.5474465457E+00  5.9515234173E+00
                    -1.1362894966E+00  1.9681111402E+00  7.3673370170E+00
                    -1.1368447777E+00  1.9690729154E+00  1.8418370170E+00
                     5.6746147858E-01  1.7624715340E+00  6.7166320350E+00
                     3.4168914309E-01  1.7654465677E+00  1.4158099160E+00
                    -1.1362894966E+00  1.9681111402E+00  7.3673296497E+00
                    -1.1368447777E+00  1.9690729154E+00  1.8418296497E+00
                     3.1700241388E+00  3.8979971088E-01  8.0180346317E+00
                     3.2803338518E+00  5.8681180572E-01  2.2678567507E+00
                     2.2725789932E+00  3.9068095612E-16  3.6836703503E+00
                     2.2736895555E+00  9.7670180428E-16  9.2091703503E+00
                    -1.2474356174E+00  2.9402212903E+00  3.0329653683E+00
                    -1.1319729949E+00  3.1342583514E+00  8.7831432493E+00
                     1.3537605034E+00  2.3447819732E+00  3.6836666666E-06
                     1.3532052223E+00  2.3438201980E+00  5.5255036837E+00
                     6.7997413883E-01  3.9230934025E+00  1.0400298702E+01
                     7.9028385184E-01  3.7260813077E+00  5.0994765827E+00
            xcart    4.2945519125E+00  7.3827853584E-16  6.9611142037E+00
                     4.2966505711E+00  1.8456974470E-15  1.7402795951E+01
                     2.3482008719E+00  2.5939738160E+00  8.1907684130E+00
                     2.5663936070E+00  2.2272969108E+00  1.8207870497E+01
                     2.5582366009E+00  4.4309957706E+00  2.0883356533E+01
                     2.5571872716E+00  4.4291782790E+00  1.0441674786E+01
                     5.7778593427E+00  4.8195983085E+00  1.2296472482E+00
                     5.3512114602E+00  4.8139763096E+00  1.1246749332E+01
                    -2.1472759562E+00  3.7191910541E+00  1.3922249291E+01
                    -2.1483252855E+00  3.7210085458E+00  3.4805675435E+00
                     1.0723467855E+00  3.3305885163E+00  1.2692595082E+01
                     6.4569890302E-01  3.3362105151E+00  2.6754929975E+00
                    -2.1472759562E+00  3.7191910541E+00  1.3922235369E+01
                    -2.1483252855E+00  3.7210085458E+00  3.4805536213E+00
                     5.9904774570E+00  7.3661470024E-01  1.5151889578E+01
                     6.1989326044E+00  1.1089136044E+00  4.2856281674E+00
                     4.2945519125E+00  7.3828001240E-16  6.9611281260E+00
                     4.2966505711E+00  1.8456989236E-15  1.7402809873E+01
                    -2.3573116853E+00  5.5562130087E+00  5.7314739167E+00
                    -2.1391189502E+00  5.9228899139E+00  1.6597735327E+01
                     2.5582366009E+00  4.4309957706E+00  6.9611211647E-06
                     2.5571872716E+00  4.4291782790E+00  1.0441688708E+01
                     1.2849648998E+00  7.4135721245E+00  1.9653716246E+01
                     1.4934200472E+00  7.0412732204E+00  9.6366141623E+00
             xred    4.5633200000E-01  0.0000000000E+00  3.3333300000E-01
                     4.5655500000E-01 -4.9303806576E-32  8.3333300000E-01
                     4.0865180000E-01  3.1827170000E-01  3.9221500000E-01
                     4.0934160000E-01  2.7328170000E-01  8.7188400000E-01
                     5.4366800000E-01  5.4366800000E-01  9.9999966667E-01
                     5.4344500000E-01  5.4344500000E-01  4.9999966667E-01
                     9.0961990000E-01  5.9134820000E-01  5.8881666667E-02
                     8.6394010000E-01  5.9065840000E-01  5.3855066667E-01
                     0.0000000000E+00  4.5633200000E-01  6.6666700000E-01
                    -4.9303806576E-32  4.5655500000E-01  1.6666700000E-01
                     3.1827170000E-01  4.0865180000E-01  6.0778500000E-01
                     2.7328170000E-01  4.0934160000E-01  1.2811600000E-01
                     0.0000000000E+00  4.5633200000E-01  6.6666633333E-01
                     4.9303806576E-32  4.5655500000E-01  1.6666633333E-01
                     6.8172830000E-01  9.0380100000E-02  7.2554833333E-01
                     7.2671830000E-01  1.3605990000E-01  2.0521733333E-01
                     4.5633200000E-01  0.0000000000E+00  3.3333366667E-01
                     4.5655500000E-01  4.9303806576E-32  8.3333366667E-01
                     9.0380100000E-02  6.8172830000E-01  2.7445166667E-01
                     1.3605990000E-01  7.2671830000E-01  7.9478266667E-01
                     5.4366800000E-01  5.4366800000E-01  3.3333333332E-07
                     5.4344500000E-01  5.4344500000E-01  5.0000033333E-01
                     5.9134820000E-01  9.0961990000E-01  9.4111833333E-01
                     5.9065840000E-01  8.6394010000E-01  4.6144933333E-01
            znucl     31.00000   15.00000    8.00000

================================================================================

chkinp: Checking input parameters for consistency, jdtset= 1.

chkinp: ERROR -
  Atoms number   1 and  17 are located at the same point of the unit cell
  (periodic images are taken into account).
  Action: change the coordinate of one of these atoms in the input file.


MS??Redefine Lattice??????????????Щ???????λ??д??in??????????????????????лл

δ????.jpg
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苔花如米小，也学牡丹开！
4楼2013-03-14 09:50:42
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kongyan21th

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-03-16 09:06:49
in 文件中的acell  7.885  7.885  6.727  Angstroms ，最后的Angstroms程序不认识，会出错，一般单位不写，在前面设置用玻尔还是埃等。
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5楼2013-03-14 18:57:38
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gynan2008

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by kongyan21th at 2013-03-14 18:57:38
in 文件中的acell  7.885  7.885  6.727  Angstroms ，最后的Angstroms程序不认识，会出错，一般单位不写，在前面设置用玻尔还是埃等。

Angstroms就是单位埃，而且即便是转换单位后也会出现相同的问题
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苔花如米小，也学牡丹开！
6楼2013-03-15 10:25:07
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Local_Spin

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gynan2008: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 十分感谢，我已经在尝试这种方法了 2013-03-22 08:09:04
对于复杂结构，用ms先建模，检查无误后再将得到的晶格参数原子坐标输入abinit，比自己手动输入的要好得多，无论是从便捷性上还是从正确性上。

对于你的问题 遇到这种复杂结构，我一般是这样做:

1、在ms里建好晶胞确定结构无误后，用castep 计算一下，开始后几秒就可以中断了，然后看castep给出的信息里面，会有rprim，原子坐标等等，复制出来。

2、假设你的初始晶格参数是（ a b c），ms里复制出来的rprim是：
x1 y1 z1
x2 y2 z2
x3 y3 z3
你注意到，ms里复制出来的晶格参数可能是散个一样的值（a1 a1 a1）。这种情况就和abinit告诉你你的晶格参数是（1 1 1）类似。你需要将rprim转换为下面的形式
x1/a  y1/b  z1/c
x2/a  y2/b  z2/c
x3/a   y3/b  z3/c

然后把初始你想输入的（a b c) 和上面转换过后的rprim 这些作为abinit的输入参量吧，就不需要角度了。

=========
还有一个极其简单的方法：

如果你不想改动你的输入文件，那么可以加一个参数： prtgeo 1，这样你可以在最终优化结束后得到一个GEO文件，文件内有各个原子的坐标，利用这些坐标稍微算一下，你要的晶格参数就出来了。
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7楼2013-03-21 21:15:26
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