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gynan2008金虫 (正式写手)
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[求助]
关于晶体优化问题
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有两个问题： ①in文件中晶体的晶格参数为 ngkpt 3 3 4 # Number of k-points chksymbreak 0 acell 7.885 7.885 6.727 Angstroms angdeg 90 90 120 chkprim 0 spgroup 160 brvltt -1 natrd 5 xred 0.796740 0.203260 0.744830 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.234010 0.540530 0.459470 0.849360 0.560330 0.439670 0.272960 而out文件输出的结果却默认为1.0000000000 1.0000000000 1.0000000000Bohr ...... outvars: echo values of preprocessed input variables -------- acell 1.0000000000E+00 1.0000000000E+00 1.0000000000E+00 Bohr amu 6.97230000E+01 3.09737620E+01 1.59994000E+01 chksymbreak 0 diemac 9.00000000E+00 ecut 3.70000000E+01 Hartree enunit 2 jdtset 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 kpt 1.66666667E-01 1.66666667E-01 1.25000000E-01 5.00000000E-01 1.66666667E-01 1.25000000E-01 -1.66666667E-01 1.66666667E-01 1.25000000E-01 5.00000000E-01 5.00000000E-01 1.25000000E-01 -1.66666667E-01 5.00000000E-01 1.25000000E-01 -1.66666667E-01 -1.66666667E-01 1.25000000E-01 1.66666667E-01 1.66666667E-01 3.75000000E-01 5.00000000E-01 1.66666667E-01 3.75000000E-01 -1.66666667E-01 1.66666667E-01 3.75000000E-01 5.00000000E-01 5.00000000E-01 3.75000000E-01 -1.66666667E-01 5.00000000E-01 3.75000000E-01 -1.66666667E-01 -1.66666667E-01 3.75000000E-01 kptrlen1 2.87631709E+01 kptrlen2 2.87651665E+01 kptrlen3 2.87671621E+01 ...... ②计算另外一个晶体时，用的同样的方式，但是out文件的acell没有变成上面的情况，但是根据文献输入晶体的原子位置 计算过程中说是第1个原子和第17个原子的位置重合，在MS中建模利用CAstep模块refine crystal以后，是23个原子，但这23个原子的位置写入abinit的in文件中显然是不对的，难道要根据MS中的原子位置写进in文件中么，可并不是标准的24个原子，这种情况应该怎么办？ 求高手指点不胜感激！ [ Last edited by gynan2008 on 2013-3-13 at 18:13 ] |
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?????????in??????????? #Common input data chksymbreak 0 #Definition of the unit cell #********************************** acell 2*4.90251 11.052620 Angstroms #设置晶常?? angdeg 90 90 120 chkprim 0 #Definition of the atoms #********************* spgroup 152 ntypat 3 #原胞的原????类数?? znucl 31 15 8 natom 24 #原胞中总的原??数目 brvltt -1 natrd 4 #读入的原??数目，就是晶? typat 1 2 3 3 xred 0.4563320 0.0000000 0.3333300 0.4565550 0.0000000 0.8333300 0.4086518 0.3182717 0.3922150 0.4093416 0.2732817 0.8718840 kptopt 1 # Kpoint option ( default 0.0 ) ngkpt 2 2 4 # Number of k-points nshiftk 1 shiftk 0.0 0.0 0.5 # These shifts will be the same for all grids out???????????? -outvars: echo values of preprocessed input variables -------- acell 9.4110251144E+00 9.4110251144E+00 2.0883363495E+01 Bohr amu 6.97230000E+01 3.09737620E+01 1.59994000E+01 chksymbreak 0 diemac 1.20000000E+01 ecut1 8.00000000E+00 Hartree ecut2 1.10000000E+01 Hartree ecut3 1.40000000E+01 Hartree ecut4 1.70000000E+01 Hartree ecut5 2.00000000E+01 Hartree ecut6 2.30000000E+01 Hartree ecut7 2.60000000E+01 Hartree ecut8 2.90000000E+01 Hartree enunit 2 jdtset 1 2 3 4 5 6 7 8 kpt 0.00000000E+00 0.00000000E+00 1.25000000E-01 5.00000000E-01 0.00000000E+00 1.25000000E-01 0.00000000E+00 0.00000000E+00 3.75000000E-01 5.00000000E-01 0.00000000E+00 3.75000000E-01 kptrlen 1.88220502E+01 kptrlatt 2 0 0 0 2 0 0 0 4 P mkmem 4 natom 24 nband 63 ndtset 8 ngfft1 24 24 54 ngfft2 30 30 64 ngfft3 32 32 72 ngfft4 36 36 80 ngfft5 40 40 90 ngfft6 45 45 96 ngfft7 45 45 96 ngfft8 48 48 108 nkpt 4 nstep 200 nsym 6 ntypat 3 occ 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 2.000000 0.000000 0.000000 0.000000 rprim 1.0000000000E+00 0.0000000000E+00 0.0000000000E+00 -5.0000000000E-01 8.6602540378E-01 0.0000000000E+00 0.0000000000E+00 0.0000000000E+00 1.0000000000E+00 shiftk 0.00000000E+00 0.00000000E+00 5.00000000E-01 spgroup 152 symrel 1 0 0 0 1 0 0 0 1 -1 -1 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 -1 0 1 0 -1 -1 0 0 0 1 1 0 0 -1 -1 0 0 0 -1 -1 -1 0 0 1 0 0 0 -1 tnons 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 -0.3333333 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.3333333 0.0000000 0.0000000 -0.3333333 0.0000000 0.0000000 0.3333333 toldfe 1.00000000E-09 Hartree typat 1 2 3 3 1 2 3 3 1 2 3 3 1 2 3 3 1 2 3 3 1 2 3 3 wtk 0.12500 0.37500 0.12500 0.37500 xangst 2.2725789932E+00 3.9068017476E-16 3.6836629830E+00 2.2736895555E+00 9.7670102292E-16 9.2091629830E+00 1.2426143826E+00 1.3726718231E+00 4.3343679650E+00 1.3580770051E+00 1.1786347619E+00 9.6351900840E+00 1.3537605034E+00 2.3447819732E+00 1.1050996316E+01 1.3532052223E+00 2.3438201980E+00 5.5254963163E+00 3.0575114786E+00 2.5504215794E+00 6.5070129833E-01 2.8317391431E+00 2.5474465457E+00 5.9515234173E+00 -1.1362894966E+00 1.9681111402E+00 7.3673370170E+00 -1.1368447777E+00 1.9690729154E+00 1.8418370170E+00 5.6746147858E-01 1.7624715340E+00 6.7166320350E+00 3.4168914309E-01 1.7654465677E+00 1.4158099160E+00 -1.1362894966E+00 1.9681111402E+00 7.3673296497E+00 -1.1368447777E+00 1.9690729154E+00 1.8418296497E+00 3.1700241388E+00 3.8979971088E-01 8.0180346317E+00 3.2803338518E+00 5.8681180572E-01 2.2678567507E+00 2.2725789932E+00 3.9068095612E-16 3.6836703503E+00 2.2736895555E+00 9.7670180428E-16 9.2091703503E+00 -1.2474356174E+00 2.9402212903E+00 3.0329653683E+00 -1.1319729949E+00 3.1342583514E+00 8.7831432493E+00 1.3537605034E+00 2.3447819732E+00 3.6836666666E-06 1.3532052223E+00 2.3438201980E+00 5.5255036837E+00 6.7997413883E-01 3.9230934025E+00 1.0400298702E+01 7.9028385184E-01 3.7260813077E+00 5.0994765827E+00 xcart 4.2945519125E+00 7.3827853584E-16 6.9611142037E+00 4.2966505711E+00 1.8456974470E-15 1.7402795951E+01 2.3482008719E+00 2.5939738160E+00 8.1907684130E+00 2.5663936070E+00 2.2272969108E+00 1.8207870497E+01 2.5582366009E+00 4.4309957706E+00 2.0883356533E+01 2.5571872716E+00 4.4291782790E+00 1.0441674786E+01 5.7778593427E+00 4.8195983085E+00 1.2296472482E+00 5.3512114602E+00 4.8139763096E+00 1.1246749332E+01 -2.1472759562E+00 3.7191910541E+00 1.3922249291E+01 -2.1483252855E+00 3.7210085458E+00 3.4805675435E+00 1.0723467855E+00 3.3305885163E+00 1.2692595082E+01 6.4569890302E-01 3.3362105151E+00 2.6754929975E+00 -2.1472759562E+00 3.7191910541E+00 1.3922235369E+01 -2.1483252855E+00 3.7210085458E+00 3.4805536213E+00 5.9904774570E+00 7.3661470024E-01 1.5151889578E+01 6.1989326044E+00 1.1089136044E+00 4.2856281674E+00 4.2945519125E+00 7.3828001240E-16 6.9611281260E+00 4.2966505711E+00 1.8456989236E-15 1.7402809873E+01 -2.3573116853E+00 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1.6666633333E-01 6.8172830000E-01 9.0380100000E-02 7.2554833333E-01 7.2671830000E-01 1.3605990000E-01 2.0521733333E-01 4.5633200000E-01 0.0000000000E+00 3.3333366667E-01 4.5655500000E-01 4.9303806576E-32 8.3333366667E-01 9.0380100000E-02 6.8172830000E-01 2.7445166667E-01 1.3605990000E-01 7.2671830000E-01 7.9478266667E-01 5.4366800000E-01 5.4366800000E-01 3.3333333332E-07 5.4344500000E-01 5.4344500000E-01 5.0000033333E-01 5.9134820000E-01 9.0961990000E-01 9.4111833333E-01 5.9065840000E-01 8.6394010000E-01 4.6144933333E-01 znucl 31.00000 15.00000 8.00000 ================================================================================ chkinp: Checking input parameters for consistency, jdtset= 1. chkinp: ERROR - Atoms number 1 and 17 are located at the same point of the unit cell (periodic images are taken into account). Action: change the coordinate of one of these atoms in the input file. MS??Redefine Lattice??????????????Щ???????λ??д??in??????????????????????лл  δ????.jpg |
4楼2013-03-14 09:50:42
5楼2013-03-14 18:57:38
gynan2008
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6楼2013-03-15 10:25:07
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【答案】应助回帖
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gynan2008: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 十分感谢，我已经在尝试这种方法了 2013-03-22 08:09:04
gynan2008: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 十分感谢，我已经在尝试这种方法了 2013-03-22 08:09:04
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对于复杂结构，用ms先建模，检查无误后再将得到的晶格参数原子坐标输入abinit，比自己手动输入的要好得多，无论是从便捷性上还是从正确性上。 对于你的问题 遇到这种复杂结构，我一般是这样做: 1、在ms里建好晶胞确定结构无误后，用castep 计算一下，开始后几秒就可以中断了，然后看castep给出的信息里面，会有rprim，原子坐标等等，复制出来。 2、假设你的初始晶格参数是（ a b c），ms里复制出来的rprim是： x1 y1 z1 x2 y2 z2 x3 y3 z3 你注意到，ms里复制出来的晶格参数可能是散个一样的值（a1 a1 a1）。这种情况就和abinit告诉你你的晶格参数是（1 1 1）类似。你需要将rprim转换为下面的形式 x1/a y1/b z1/c x2/a y2/b z2/c x3/a y3/b z3/c 然后把初始你想输入的（a b c) 和上面转换过后的rprim 这些作为abinit的输入参量吧，就不需要角度了。 ========= 还有一个极其简单的方法： 如果你不想改动你的输入文件，那么可以加一个参数： prtgeo 1，这样你可以在最终优化结束后得到一个GEO文件，文件内有各个原子的坐标，利用这些坐标稍微算一下，你要的晶格参数就出来了。 |
7楼2013-03-21 21:15:26
