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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 【求助】晶体结构优化，计算出问题，请大家帮忙！
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didi5158

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】晶体结构优化，计算出问题，请大家帮忙！已有7人参与

本人初学PWscf，近日做晶体LiSrAlF6结构的优化，但总是不能优化。现把输入输入文件以及输出文件贴出，请大家帮忙指正。谢谢了！

注：优化的晶体结构为：P-31C，Z＝2

输入文件：
&CONTROL
                 calculation = 'vc-relax' ,
                 max_seconds = 150 ,
                      outdir = '/root/espresso-4.2/work/Dean/LSAF/temp/' ,
                      wfcdir = '/root/espresso-4.2/work/Dean/LSAF/wftemp/' ,
                  pseudo_dir = '/root/espresso-4.2/work/Dean/LSAF/pp/' ,
                      prefix = 'LSAFS' ,
                 lkpoint_dir = .true. ,
               etot_conv_thr = 1.0D-5 ,
               forc_conv_thr = 1.0D-4 ,
                       nstep = 100 ,
                     tstress = .true. ,
                     tprnfor = .true. ,
                          dt = 20 ,
                    dipfield = .true. ,
/
&SYSTEM
                       ibrav = 4,
                   celldm(1) = 5.0716,
                   celldm(3) = 2.0093,
                         nat = 4,
                        ntyp = 4,
                     ecutwfc = 80 ,
/
&ELECTRONS
            electron_maxstep = 100,
                    conv_thr = 1.0D-12 ,
                 mixing_mode = 'plain' ,
                 mixing_beta = 0.7D ,
/
&IONS
                ion_dynamics = 'bfgs' ,
           pot_extrapolation = 'second_order' ,
           wfc_extrapolation = 'second_order' ,
                     upscale = 10D ,
                   bfgs_ndim = 1 ,
            trust_radius_max = 0.8D0 ,
            trust_radius_min = 1.0D-3 ,
            trust_radius_ini = 0.5D ,
/
&CELL
/
ATOMIC_SPECIES
   Li    6.94100  Li.pbe-n-van.UPF
   Al   26.98154  Al.pbe-n-van.UPF
   Sr   87.62000  Sr.pbe-nsp-van.UPF
    F   18.99840  F.pbe-n-van.UPF
ATOMIC_POSITIONS alat
   Li      0.333000000    0.667000000    0.250000000   
   Al      0.667000000    0.333000000    0.000000000   
   Sr      0.000000000    0.000000000    0.000000000   
    F      0.388000000    0.033000000    0.149000000   
K_POINTS automatic
  16 16 16   0 0 0

输出文件：
Program PWSCF v.4.2        starts on 13Jun2008 at 14:38:39

     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
     for quantum simulation of materials; please acknowledge
         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
          URL http://www.quantum-espresso.org",
     in publications or presentations arising from this work. More details at
     http://www.quantum-espresso.org/ ... ng_Quantum-ESPRESSO

     Parallel version (MPI), running on     1 processors

     Current dimensions of program PWSCF are:
     Max number of different atomic species (ntypx) = 10
     Max number of k-points (npk) =  40000
     Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) =  3
     Waiting for input...
     Message from routine iosys:
     pot_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic'
     Message from routine iosys:
     wfc_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic'

     Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
     Too few procs for parallel algorithm: we need at least 4 procs per pool
     a serial algorithm will be used


     Planes per process (thick) : nr3 =  32 npp =   32 ncplane =   256

     Proc/  planes cols     G    planes cols    G      columns  G
     Pool       (dense grid)       (smooth grid)      (wavefct grid)
        1    32    163     3589   32    163     3589     61      739



     bravais-lattice index     =            4
     lattice parameter (a_0)   =       5.0716  a.u.
     unit-cell volume          =     226.9919 (a.u.)^3
     number of atoms/cell      =            4
     number of atomic types    =            4
     number of electrons       =        21.00
     number of Kohn-Sham states=           15
     kinetic-energy cutoff     =      24.0000  Ry
     charge density cutoff     =      96.0000  Ry
     convergence threshold     =      1.0E-07
     mixing beta               =       0.7000
     number of iterations used =            8  plain     mixing
     Exchange-correlation      =  SLA  PW   PBE  PBE (1434)
     EXX-fraction              =        0.00
     nstep                     =          100


     celldm(1)=   5.071600  celldm(2)=   0.000000  celldm(3)=   2.009300
     celldm(4)=   0.000000  celldm(5)=   0.000000  celldm(6)=   0.000000

     crystal axes: (cart. coord. in units of a_0)
               a(1) = (  1.000000  0.000000  0.000000 )  
               a(2) = ( -0.500000  0.866025  0.000000 )  
               a(3) = (  0.000000  0.000000  2.009300 )  

     reciprocal axes: (cart. coord. in units 2 pi/a_0)
               b(1) = (  1.000000  0.577350  0.000000 )  
               b(2) = (  0.000000  1.154701  0.000000 )  
               b(3) = (  0.000000  0.000000  0.497686 )  


     PseudoPot. # 1 for Li read from file Li.pbe-n-van.UPF
     Pseudo is Ultrasoft + core correction, Zval =  1.0
     Generated by new atomic code, or converted to UPF format
     Using radial grid of  751 points,  2 beta functions with:
                l(1) =   1
                l(2) =   1
     Q(r) pseudized with  8 coefficients,  rinner =    1.000   1.000   1.000


     PseudoPot. # 2 for Al read from file Al.pbe-n-van.UPF
     Pseudo is Ultrasoft + core correction, Zval =  3.0
     Generated by new atomic code, or converted to UPF format
     Using radial grid of  893 points,  2 beta functions with:
                l(1) =   0
                l(2) =   1
     Q(r) pseudized with  8 coefficients,  rinner =    0.900   0.900   0.900


     PseudoPot. # 3 for Sr read from file Sr.pbe-nsp-van.UPF
     Pseudo is Ultrasoft + core correction, Zval = 10.0
     Generated by new atomic code, or converted to UPF format
     Using radial grid of  883 points,  6 beta functions with:
                l(1) =   0
                l(2) =   0
                l(3) =   1
                l(4) =   1
                l(5) =   2
                l(6) =   2
     Q(r) pseudized with  8 coefficients,  rinner =    1.200   1.200   1.200
                                                       1.200   1.200

     PseudoPot. # 4 for F  read from file F.pbe-n-van.UPF
     Pseudo is Ultrasoft + core correction, Zval =  7.0
     Generated by new atomic code, or converted to UPF format
     Using radial grid of  799 points,  6 beta functions with:
                l(1) =   0
                l(2) =   0
                l(3) =   0
                l(4) =   1
                l(5) =   1
                l(6) =   1
     Q(r) pseudized with  6 coefficients,  rinner =    1.200   1.200   1.200


     atomic species   valence    mass     pseudopotential
        Li             1.00     6.94100     Li( 1.00)
        Al             3.00    26.98154     Al( 1.00)
        Sr            10.00    87.62000     Sr( 1.00)
        F              7.00    18.99840     F ( 1.00)

     No symmetry found

   Cartesian axes

     site n.     atom                  positions (a_0 units)
         1           Li  tau(  1) = (   0.3330000   0.6670000   0.2500000  )
         2           Al  tau(  2) = (   0.6670000   0.3330000   0.2500000  )
         3           Sr  tau(  3) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000  )
         4           F   tau(  4) = (   0.3880000   0.0330000   0.1490000  )

     number of k points=  2052  gaussian broad. (Ry)=  0.0200     ngauss =   0

     Number of k-points >= 100: set verbosity='high' to print them.

     G cutoff =   62.5463  (   3589 G-vectors)     FFT grid: ( 16, 16, 32)

     Largest allocated arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Kohn-Sham Wavefunctions         0.11 Mb     (    462,  15)
        NL pseudopotentials             0.28 Mb     (    462,  40)
        Each V/rho on FFT grid          0.13 Mb     (   8192)
        Each G-vector array             0.03 Mb     (   3589)
        G-vector shells                 0.03 Mb     (   3589)
     Largest temporary arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Auxiliary wavefunctions         0.42 Mb     (    462,  60)
        Each subspace H/S matrix        0.05 Mb     (     60,  60)
        Each matrix      0.01 Mb     (     40,  15)
        Arrays for rho mixing           1.00 Mb     (   8192,   8)
     writing wfc files to a dedicated directory

     Check: negative/imaginary core charge=   -0.000003    0.000000

     Initial potential from superposition of free atoms

     starting charge   20.95922, renormalised to   21.00000
     Starting wfc are   25 atomic wfcs

     total cpu time spent up to now is     43.70 secs

     per-process dynamical memory:     6.8 Mb

     Self-consistent Calculation

     iteration #  1     ecut=    24.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
     ethr =  1.00E-02,  avg # of iterations =  4.9

     Maximum CPU time exceeded

     max_seconds     =     150.00
     elapsed seconds =     172.62

     Writing output data file LSAFS.save

     init_run     :     41.13s CPU     42.48s WALL (       1 calls)
     electrons    :    132.72s CPU    136.88s WALL (       1 calls)

     Called by init_run:
     wfcinit      :     36.98s CPU     38.29s WALL (       1 calls)
     potinit      :      0.63s CPU      0.63s WALL (       1 calls)

     Called by electrons:
     c_bands      :    126.74s CPU    130.13s WALL (       1 calls)
     v_of_rho     :      0.01s CPU      0.01s WALL (       1 calls)
     newd         :      0.04s CPU      0.04s WALL (       1 calls)

     Called by c_bands:
     init_us_2    :      3.75s CPU      3.76s WALL (    4104 calls)
     cegterg      :    121.41s CPU    123.92s WALL (    2052 calls)

     Called by *egterg:
     h_psi        :     81.83s CPU     82.92s WALL (   14227 calls)
     s_psi        :     10.14s CPU     10.22s WALL (   14227 calls)
     g_psi        :      2.52s CPU      2.54s WALL (   10123 calls)
     cdiaghg      :     24.87s CPU     25.11s WALL (   12175 calls)

     Called by h_psi:
     add_vuspsi   :     11.58s CPU     11.65s WALL (   14227 calls)

     General routines
     calbec       :     11.14s CPU     11.16s WALL (   14227 calls)
     cft3s        :     50.76s CPU     51.36s WALL (  349215 calls)
     davcio       :      0.05s CPU      1.64s WALL (    6156 calls)

     Parallel routines

     PWSCF        :  2m55.02s CPU time,     3m 0.58s WALL time


   This run was terminated on:  14:41:40  13Jun2008            

=------------------------------------------------------------------------------=
   JOB DONE.
=------------------------------------------------------------------------------=
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1楼2010-06-13 15:32:43
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Maximum CPU time exceeded

     max_seconds     =     150.00
     elapsed seconds =     172.62

问题在这里。


max_seconds = 150 ,
这个时间定得太短了。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-06-13 16:16:29
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
qasd(金币+1):谢谢 2010-06-13 19:44:44
max_seconds     =     150.00
150秒=2分30秒
s输出文件很明确说明了
Maximum CPU time exceeded

     max_seconds     =     150.00
     elapsed seconds =     172.62
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-06-13 16:29:29
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totem

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):呵呵 2010-06-13 20:28:01
直接删除这个flag就行啦
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-06-13 16:42:42
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zwlong

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by didi5158 at 2010-06-13 15:32:43:
本人初学PWscf，近日做晶体LiSrAlF6结构的优化，但总是不能优化。现把输入输入文件以及输出文件贴出，请大家帮忙指正。谢谢了！

注：优化的晶体结构为：P-31C，Z＝2

输入文件：
[color ...

非常谢谢！还想问一下，为什么输出文件中显示NO  symmetry found！？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-06-13 18:21:38
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by didi5158 at 2010-06-13 15:32:43:
本人初学PWscf，近日做晶体LiSrAlF6结构的优化，但总是不能优化。现把输入输入文件以及输出文件贴出，请大家帮忙指正。谢谢了！

注：优化的晶体结构为：P-31C，Z＝2

输入文件：
[color ...

呵呵，楼主中招啦，再接再厉，一起进步
赞一下(1人) 回复此楼
timeflies..
6楼2010-06-13 20:02:11
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢专家提示，呵呵 2010-06-13 21:33:21
pwscf早用ibrav = 4的时候经常在对称性上出现这个提示，一般来说没什么问题。
赞一下(3人) 回复此楼
7楼2010-06-13 20:56:56
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liusj0228

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主，你优化时候，为什么要加上dt参数，这个不是分子动力学的参数吗
赞一下 回复此楼
请各位高手不吝赐教
8楼2013-07-11 10:04:24
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