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依然怜悯

木虫 (小有名气)

[求助] 用gaussview画出一些分子,若不经过优化,其他软件判断是否稳定存在

虚心向各位前辈求教:
用gaussview设计一个分子,一般我们会用gauss09去优化,再判断它的真实构型。
但是,若设计的是大分子,由于聚合度比较大,再加之有很多同分异构体,需要的运算量特别大。而且设备较简陋,只有一台计算机,优化一个分子需要等很长时间。
想请问大家,有没有其他软件,或者方法,可以用来 判断这个分子是否设计的合理,是否稳定存在?
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yanrding

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
g09里面也有很多低级别的算法,算起来应该会挺快的吧。
一般总是这样:慢的方法准一些。所以得有个取舍。
华北电力大学(北京)数理学院,计算化学,凝聚态物理。欢迎合作!招硕士/博士研究生,招老师。
4楼2013-03-19 21:40:57
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
依然怜悯: 金币+2, 今天问了问导师,导师说可行! 2013-03-21 13:07:08
分子量很大的分子,分子力学已经足够准确。
推荐用g03/09中的UFF或者chemoffice里的MMFF优化。
这种类型的分子不推荐AM1或者PM3/PM6。
虽然分子力学很快,看上去不太准,
但是处理高分子准确度很高。
5楼2013-03-20 00:42:08
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410894171

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用material studio 可以的啊,就是精度不高些吧
虫虫……
7楼2013-03-20 09:01:48
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普通回帖

依然怜悯

木虫 (小有名气)

哦,还有,关于Chemdraw,我的笔记本可能系统版本原因,安不上,若有其他方法,更好。谢谢虫友们了。
2楼2013-03-19 19:57:11
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依然怜悯

木虫 (小有名气)

看了一下,笔记本是W7系统,64位。
3楼2013-03-19 20:07:12
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witchlq

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
material studio 里面的Forcite模块也可以啊,而且算的速度比较快了。
6楼2013-03-20 08:30:27
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maynard

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
gaussian在做单点优化速度慢是出了名的,如果有时间学习的话,可以试试molpro这些,据说速度是gaussian的10倍,教程就比gaussian少多了,还都是英文的,当然这两个软件都是要钱的……
chemexper网站可以在线查分子的3D构型,但很遗憾这些构型和我优化出来的还是有点差距的
8楼2013-03-20 11:45:37
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依然怜悯

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by witchlq at 2013-03-20 08:30:27
material studio 里面的Forcite模块也可以啊,而且算的速度比较快了。

小虫,你觉得forcite板块的精确度怎么样?写论文的时候,有没有说服力?
9楼2013-03-20 20:55:32
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依然怜悯

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 410894171 at 2013-03-20 09:01:48
用material studio 可以的啊,就是精度不高些吧

恩,我也是担心,会不会有遗漏的同分异构。
10楼2013-03-20 20:57:38
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