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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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haiyanqian

木虫 (小有名气)

[求助] 如何计算RMSD值 已有1人参与

请问一下大家:
       为了判断对接的可靠性,有蛋白结晶的可以抽取出原来的配体再去对接,然后比较两个结果,计算他们的RMSD值。我想请问一下,在sybylX2.0中,如何计算得到这个RMSD值呢?
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hongxiaoyu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
haiyanqian: 金币+5, 有帮助 2014-01-15 15:01:02
similarity在一定程度上反应了RMSD值,小于0.8对接的结果就非常好了..

如果非要计算RMSD的话,在Application----Align Compounds-----Match 中可以一个个的比较
2楼2014-01-14 17:54:57
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