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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 构建系统发育树出现的问题
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雨后泥巴

新虫 (初入文坛)

[求助] 构建系统发育树出现的问题

我现在有若干个新种，每个新种在数据库16S序列比对后与其相似度最靠前的十几株菌构建N-J树，可结果发现相似度排第一的菌与我的菌在树上相距很远。为什么会出现这种情况呢？希望各位虫友帮忙
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1楼 2013-12-07 15:21:01
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竹子小小

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助交流！ 2014-03-21 22:37:06
这个太正常不过了，序列比对和建树的计算方法差距那么大，要不你能1min就比对出最近相似菌，建树要几十分钟。而且建树有不能只选Ez里给出的那几十株菌，还要进行选择相似同属种来画树。
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6楼2013-12-10 14:22:22
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2013-12-08 21:23:49
雨后泥巴: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-12-09 16:55:31
不打紧的，我看过一些发表的新种，树上连那个相似性最高的菌都没有，我把那株菌加上去画树，结果和你说的情况一样  PS 不知楼主在哪个数据库比对的，希望答案不是NCBI
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但行好事，莫问前程
2楼2013-12-07 22:02:01
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雨后泥巴

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 20093651 at 2013-12-07 22:02:01
不打紧的，我看过一些发表的新种，树上连那个相似性最高的菌都没有，我把那株菌加上去画树，结果和你说的情况一样  PS 不知楼主在哪个数据库比对 ...

谢谢，数据库不是NCBI，是EzBioCloud，里面的序列质量都很高
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3楼2013-12-08 10:22:27
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 雨后泥巴 at 2013-12-08 10:22:27
谢谢，数据库不是NCBI，是EzBioCloud，里面的序列质量都很高...

嗯，是EzBioCloud就对了
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但行好事，莫问前程
4楼2013-12-08 12:47:26
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