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构建系统发育树出现的问题
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| 我现在有若干个新种，每个新种在数据库16S序列比对后与其相似度最靠前的十几株菌构建N-J树，可结果发现相似度排第一的菌与我的菌在树上相距很远。为什么会出现这种情况呢？希望各位虫友帮忙 |
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同源性高并不代表进化关系近，同源性只是从序列相似角度分析，但是在每一个位置的序列所代表的的意义，以及几个基因密码连在一起的作用都是同源性无法分析的，进化树是采用特殊的计算方法，从转录-翻译角度解释进化水平相似性，所以不能靠单一一项工作完成分析。 当然16S是当前比较流行的鉴定方法，其到属的准确性确实毋庸置疑，但由于基因异型性等多方面问题，通过16S到种的鉴定还是值得怀疑，不过用以参考和减小工作量还不错 |
5楼2013-12-09 10:23:40
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