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aminibuck

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] VASP中脚本程序问题

我初学VASP，看侯老师的教程中有时候需要编写脚本程序，比如优化晶格常数有如下脚本：#!/bin/sh
rm  wAVECAR
for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30
do
cat>POSCAR< Al-fcc
$i
0.0  0.5  0.5
0.5  0.0  0.5
0.5  0.5  0.0
1
Direct
0.0  0.0  0.0
!
echo "a=$i angstrom";time vasp
E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk '{printf "%12.6f\n",$5}''
V='grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk '{prinf "%12.4f\n",$5}''
echo $V $E>>EtVo.dat
done

我想问的是这个是写在POSCAR文件里吗？如果不是的话就是另写一个脚本吧？我们学校的高性能计算中心利用PBS提交作业，请问如果另写一个脚本的话我的PBS文件中应该加入什么命令呢？谢谢了
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1楼 2013-12-03 21:53:46
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yh3166

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
aminibuck: 金币+50, ★有帮助 2013-12-04 21:15:38
这种小程序是随便建个文档写入，写完保存后变成执行文件就好
最后，关于pbs上面如何提交作业的话我是这样写的，你可以参考下
#!/bin/sh

#PBS -N vasp

#PBS -d ./

#PBS -o ./

#PBS -e ./

#PBS -l nodes=1:ppn=4

#PBS -l walltime=10:00:00

#PBS -l mem=

#PBS -q serique

#PBS -V

ulimit -s unlimited
source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/iccvars_intel64.sh
source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh
source /opt/intel/mkl/10.2.2.025/tools/environment/mklvarsem64t.sh
source /opt/intel/impi/3.2.2/bin64/mpivars.sh
EXEC=/***/***/vasp_5.2
################################################################
rm WAVECAR
for i in 250 300 350 400 450 500 550 600
do
cat > INCAR <<!
System = Si
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ;  /***/***/ vasp_5.2(这里是写vasp的路径，你自己是什么写什么)
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'`
KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%5i \n", $2 }'`
echo $i $KP $E >> comment
done
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2楼2013-12-04 20:55:11
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aminibuck

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yh3166 at 2013-12-04 20:55:11
这种小程序是随便建个文档写入，写完保存后变成执行文件就好
最后，关于pbs上面如何提交作业的话我是这样写的，你可以参考下
#!/bin/sh

#PBS -N vasp

#PBS -d ./

#PBS -o ./

#PBS -e ./

#PBS -l n ...

你好，非常感谢你的回答。照你的意思是直接把脚本程序写进PBS脚本里面是吧？那INCAR和KPOINTS这样的文件也还是必须的吧？比如说按照你这个PBS模板是不是依旧还需要写一个INCAR文件如下：
SYSTEM=Si
ENCUT=$i
ISTART=0
ICHARGE=2
ISMEAR=0;SIGMA=0.1
PREC=Accurate
请问是这样理解吗？
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3楼2013-12-04 21:15:15
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yh3166

金虫 (正式写手)
嗯，脚本写进pbs里，其他INCAR,KPOINTS,POTCAR都还是要有的。
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4楼2013-12-05 08:49:30
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djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aminibuck at 2013-12-04 21:15:15
你好，非常感谢你的回答。照你的意思是直接把脚本程序写进PBS脚本里面是吧？那INCAR和KPOINTS这样的文件也还是必须的吧？比如说按照你这个PBS模板是不是依旧还需要写一个INCAR文件如下：
SYSTEM=Si
ENCUT=$i
IS ...

侯老师的cat > INCAR <<!
               。。。
               。。。
               ！             这个部分就是在写INCAR。
其他几个CAR，你要事先放在运行的目录下。
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5楼2013-12-05 08:57:46
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aminibuck

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yh3166 at 2013-12-05 08:49:30
嗯，脚本写进pbs里，其他INCAR,KPOINTS,POTCAR都还是要有的。

好的，谢谢。我自己试一试。
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6楼2013-12-05 09:32:44
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aminibuck

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by djh434325996 at 2013-12-05 08:57:46
侯老师的cat > INCAR <<!
               。。。
               。。。
               ！             这个部分就是在写INCAR。
其他几个CAR，你要事先放在运行的目录下。...

谢谢，那PBS脚本里面是否还需要再次写一遍？
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7楼2013-12-05 09:33:44
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yh3166

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by aminibuck at 2013-12-05 09:33:44
谢谢，那PBS脚本里面是否还需要再次写一遍？...

不用的，你这个脚本有POSCAR吗，再说，你这个只是测试，还没到真正计算
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8楼2013-12-05 15:07:53
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aminibuck

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yh3166 at 2013-12-05 15:07:53
不用的，你这个脚本有POSCAR吗，再说，你这个只是测试，还没到真正计算...

嗯，我明白了，就拿你贴出来的PBS来说它会自动生成INCAR文件，无需再自己写了。谢谢
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9楼2013-12-05 18:25:14
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djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by aminibuck at 2013-12-05 09:33:44
谢谢，那PBS脚本里面是否还需要再次写一遍？...

其他几个CAR不用写在PBS脚本里面
for i in 250 300 350 400 450 500 550 600
do
cat > INCAR <<!
System = Si
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
PREC = Accurate
!
只是一个循环，测试不同的ECUT
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10楼2013-12-06 11:30:00
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