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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP中脚本程序问题
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aminibuck

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by djh434325996 at 2013-12-06 11:30:00
其他几个CAR不用写在PBS脚本里面
for i in 250 300 350 400 450 500 550 600
do
cat > INCAR <<!
System = Si
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
PREC = Accurate
!
...

直接写在INCAR文件里？
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11楼2013-12-06 12:04:46
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djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by aminibuck at 2013-12-06 12:04:46
直接写在INCAR文件里？...

两个感叹号之间的内容就是INCAR的内容！（ cat > INCAR <<! 和 ! 之间的内容就是你的INCAR）
你可以先去看看shell语言！
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12楼2013-12-06 16:01:13
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aminibuck

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by djh434325996 at 2013-12-06 16:01:13
两个感叹号之间的内容就是INCAR的内容！（ cat > INCAR <<! 和 ! 之间的内容就是你的INCAR）
你可以先去看看shell语言！...

好的，非常感谢
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13楼2013-12-06 16:12:30
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djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by aminibuck at 2013-12-06 16:12:30
好的，非常感谢...

14楼2013-12-06 20:21:59
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Vaucanson

金虫 (小有名气)
把我的PBS文件贴出来给大家看看，针对的是侯老师的有关测试截断能的那个例子。
#PBS -N vaspjob
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -q csuliaofei
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=1000:00:00

cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`

rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat >INCAR<<!
SYSTEM=Si-Diamond
ENCUT=$i
ISTART=0;ICHARG=2
ISMEAR=-5
PREC=Accurate
!
echo "a=$i"

source /public/software/mpi/openmpi1.4-pgi.sh
mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE /public/software/qchem/vasp/vasp-openmpi-pgf90

E=`grep "TOTEN" OUTCAR| tail -1| awk '{printf "%12.6f \n", $5}'`
echo $i $E>>comment
done
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15楼2013-12-13 14:14:46
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