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VASP中脚本程序问题
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我初学VASP，看侯老师的教程中有时候需要编写脚本程序，比如优化晶格常数有如下脚本：#!/bin/sh rm wAVECAR for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30 do cat>POSCAR< Al-fcc $i 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 1 Direct 0.0 0.0 0.0 ! echo "a=$i angstrom";time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk '{printf "%12.6f\n",$5}'' V='grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk '{prinf "%12.4f\n",$5}'' echo $V $E>>EtVo.dat done 我想问的是这个是写在POSCAR文件里吗？如果不是的话就是另写一个脚本吧？我们学校的高性能计算中心利用PBS提交作业，请问如果另写一个脚本的话我的PBS文件中应该加入什么命令呢？谢谢了 |
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把我的PBS文件贴出来给大家看看，针对的是侯老师的有关测试截断能的那个例子。 #PBS -N vaspjob #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -q csuliaofei #PBS -j oe #PBS -l walltime=1000:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat >INCAR<<! SYSTEM=Si-Diamond ENCUT=$i ISTART=0;ICHARG=2 ISMEAR=-5 PREC=Accurate ! echo "a=$i" source /public/software/mpi/openmpi1.4-pgi.sh mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE /public/software/qchem/vasp/vasp-openmpi-pgf90 E=`grep "TOTEN" OUTCAR| tail -1| awk '{printf "%12.6f \n", $5}'` echo $i $E>>comment done |
15楼2013-12-13 14:14:46
yh3166
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aminibuck: 金币+50, ★有帮助 2013-12-04 21:15:38
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这种小程序是随便建个文档写入，写完保存后变成执行文件就好 最后，关于pbs上面如何提交作业的话我是这样写的，你可以参考下 #!/bin/sh #PBS -N vasp #PBS -d ./ #PBS -o ./ #PBS -e ./ #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=10:00:00 #PBS -l mem= #PBS -q serique #PBS -V ulimit -s unlimited source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/iccvars_intel64.sh source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh source /opt/intel/mkl/10.2.2.025/tools/environment/mklvarsem64t.sh source /opt/intel/impi/3.2.2/bin64/mpivars.sh EXEC=/***/***/vasp_5.2 ################################################################ rm WAVECAR for i in 250 300 350 400 450 500 550 600 do cat > INCAR <<! System = Si ENCUT = $i ISTART = 0 ICHARG = 2 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.1 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; /***/***/ vasp_5.2(这里是写vasp的路径，你自己是什么写什么) E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'` KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%5i \n", $2 }'` echo $i $KP $E >> comment done |
2楼2013-12-04 20:55:11
3楼2013-12-04 21:15:15
yh3166
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4楼2013-12-05 08:49:30