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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】帮忙编个用于VASP小程序
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wo8165827

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】帮忙编个用于VASP小程序 已有6人参与

帮忙编个用于VASP小程序，我的NSW设置为10，算完一次后
cp CONTCAR POSCAR 在算第二次，知道到达精度为止。往往都要
输上好几次。因此想编个小程序来替代重复的工作。

要求是开始计算时就只有INCAR POSCAR POTCAR KPOINTS ，输入命令VASP>log1&
计算，当计算完一次后输入命令
cp CONTCAR POSCAR 和VASP>log2&
再算第二次，直到输出文件logi提示：
reached required accuracy - stopping structural energy minimisation
计算结束。
同时每次计算输出文件logi将保留。并输入一个Summary 记录出每一步算出的能量。

先谢谢大家了。。。。。
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计算的魅力
1楼 2010-04-24 20:36:21
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
wo8165827(金币+1):谢谢， 2010-04-25 09:02
NSW为什么不设大一点
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2楼2010-04-24 21:10:49
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tjyl

金虫 (正式写手)
★
gavinliu7390(金币+1):长见识了！ 2010-04-24 23:47
wo8165827(金币+7):谢谢 2010-04-25 08:59
wo8165827(金币+5):谢谢， 2010-04-25 09:02
不用VASP，不过写这个还是比较容易的。
#!/bin/bash
OK=0
try=1
declare -a energy
char='reached required accuracy - stopping structural energy      minimisation'
while [ $OK -eq 0 ]
   do
   vasp > log${try} &
   wait
   energy[$try]=$(......) #自己写提取出能量值吧
   OK=$(grep $char log${try} |wc -l )
   cp CONTCAR POSCAR
   try=$(( try+1 ))
   done
i=1
while [ $i -lt $try ]
do

echo -e "$i \t ${energy[$i]}  "
i=$(( i+1 ))
done
===========================
自己写提取总能的那点吧
grep，cut,sed,tail,head,awk 用这几个总是足够了
引用回帖:
Originally posted by wo8165827 at 2010-04-24 20:36:21:
帮忙编个用于VASP小程序，我的NSW设置为10，算完一次后
cp CONTCAR POSCAR 在算第二次，知道到达精度为止。往往都要
输上好几次。因此想编个小程序来替代重复的工作。

要求是开始计算时就只有INCAR POSCAR  ...

[ Last edited by tjyl on 2010-4-24 at 23:46 ]
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3楼2010-04-24 23:44:07
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
wo8165827(金币+1):谢了 2010-04-25 08:59
说实话， 我就没看明白你到底要干什么？
为什么重复计算那么多次？
停止的标准是什么？ 感觉就是进入了个死循环。
这样的脚本，估计谁也不会给你编的。
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真理是一点点接近的！
4楼2010-04-24 23:44:19
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tjyl

金虫 (正式写手)
lz说的是只要出现那句话就行了。
所以就直接 grep一下，然后计算行数
引用回帖:
Originally posted by gavinliu7390 at 2010-04-24 23:44:19:
说实话， 我就没看明白你到底要干什么？
为什么重复计算那么多次？
停止的标准是什么？ 感觉就是进入了个死循环。
这样的脚本，估计谁也不会给你编的。

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5楼2010-04-24 23:47:44
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
wo8165827(金币+2):谢谢 2010-04-25 08:58
引用回帖:
Originally posted by tjyl at 2010-04-24 23:47:44:
lz说的是只要出现那句话就行了。
所以就直接 grep一下，然后计算行数

因为他取的是NSW=10，有时候10步不能收敛。所以不会出现那句话。
如果他直接将NSW取的大一些。例如NSW=100. 就不用这个脚本了，最后收敛一定会出现那句话。
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真理是一点点接近的！
6楼2010-04-24 23:54:05
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tjyl

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
gavinliu7390(金币+3):感谢热心的顾问！ 2010-04-25 00:04
wo8165827(金币+1):谢谢 2010-04-25 08:58
恩
不过LZ要什么就给什么吧。
引用回帖:
Originally posted by gavinliu7390 at 2010-04-24 23:54:05:



因为他取的是NSW=10，有时候10步不能收敛。所以不会出现那句话。
如果他直接将NSW取的大一些。例如NSW=100. 就不用这个脚本了，最后收敛一定会出现那句话。
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7楼2010-04-24 23:58:00
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chenweiguang

金虫 (小有名气)
wo8165827(金币+1):谢谢 2010-04-25 08:57
直接收敛不就完了吗
这样每次10步的其实浪费时间
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8楼2010-04-25 03:38:41
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wo8165827

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chenweiguang at 2010-04-25 03:38:41:
直接收敛不就完了吗
这样每次10步的其实浪费时间

谢谢各位了。不过还是有区别的，我当初也是这样认为的NSW=60，可是老师说这样不行，有可能到基态。我还特意去测试了下，有些体系算出来的总能还真的有差距的。
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计算的魅力
9楼2010-04-25 08:57:41
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wo8165827

金虫 (小有名气)
[quote]Originally posted by gavinliu7390 at 2010-04-24 23:54:05:



因为他取的是NSW=10，有时候10步不能收敛。所以不会出现那句话。
如果他直接将NSW取的大一些。例如NSW=100. 就不用这个脚本了，最后收敛一定会出现那句话。


是的，如果直接去上100，这时达到基态时，是我们初始设置的晶胞参数的基态，而在INCAR里选择优化的参数是ISIF=3，要达到体系的基态的话，可能还需要cp CONTCAR POSCAR才行的。。
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计算的魅力
10楼2010-04-25 09:17:07
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