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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】帮忙编个用于VASP小程序
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wo8165827

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjyl at 2010-04-24 23:44:07:
不用VASP，不过写这个还是比较容易的。
#!/bin/bash
OK=0
try=1
declare -a energy
char='reached required accuracy - stopping structural energy      minimisation'
while [ $OK -eq 0 ]
   do
   v ...

能量哪里是用grep 提取就可以了吗？
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计算的魅力
11楼2010-04-25 09:25:50
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wo8165827

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjyl at 2010-04-24 23:44:07:
不用VASP，不过写这个还是比较容易的。
#!/bin/bash
OK=0
try=1
declare -a energy
char='reached required accuracy - stopping structural energy      minimisation'
while [ $OK -eq 0 ]
   do
   v ...

刚运行了下，出错了。错误提示：
./run:/bin/bash:bad interpreter:没有那个文件。
可以帮忙下吗？
还有一个就是
你在程序中的
while [ $OK -eq 0 ]
   do
   vasp > log${try} &
   wait
   energy[$try]=$('grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk '{printf "%f \n", $5}'')
   OK=$(grep $char log${try} |wc -l )
   cp CONTCAR POSCAR
   try=$(( try+1 ))
   done
提取能量是我加的。不知道正确吗？
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计算的魅力
12楼2010-04-25 10:03:22
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tjyl

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用grep 搜索含有关键字的行，然后使用 awk 提取出这行指定的列就是了
引用回帖:
Originally posted by wo8165827 at 2010-04-25 09:25:50:



能量哪里是用grep 提取就可以了吗？

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13楼2010-04-25 10:11:45
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wo8165827

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjyl at 2010-04-25 10:11:45:
用grep 搜索含有关键字的行，然后使用 awk 提取出这行指定的列就是了

提示错误了。可以帮忙看看下吗？
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计算的魅力
14楼2010-04-25 11:05:17
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
两种方法的结果应该相等。
出现不同一般有三种情况。
1， 收敛参数精度不够.
2, 有时候一次收敛是不够的,也就是先设nsw=100,收敛后, 再进行一次优化,基本就可以达到基态了.
3, 因为优化的时候是有算法的,你每次停止后,前面储存的信息都没了,自然会重新找路径优化,所以路径上部会太一样. 也有可能结构发生了变化,也就是空间群发生了变化, 这个需要注意.
既然boss说了, 那就没办法了.   Since boss is always right!
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真理是一点点接近的！
15楼2010-04-25 12:23:43
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tjyl

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
脚本开头 是 顶格写
#!/bin/bash

没有bash你不写这行也无所谓的，反正又没有用什么bash特有的语法。
energy[$try]=$('grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk '{printf "%f \n", $5}")

这行有点问题,要注意 ' ,"这些细节的地方
energy[$try]=$( grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk '{print   $5}' )
在使用awk中的print和printf时，print类似echo,只是直接输出，当需要更多格式控制的时候使用printf, 其实你这里没有必要用printf，直接print还省事点的。
引用回帖:
Originally posted by wo8165827 at 2010-04-25 10:03:22:



刚运行了下，出错了。错误提示：
./run:/bin/bash:bad interpreter:没有那个文件。
可以帮忙下吗？
还有一个就是
你在程序中的
while [ $OK -eq 0 ]
   do
   vasp > log${try} &
   wait
...

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16楼2010-04-25 15:26:38
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wo8165827

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gavinliu7390 at 2010-04-25 12:23:43:
两种方法的结果应该相等。
出现不同一般有三种情况。
1， 收敛参数精度不够.
2, 有时候一次收敛是不够的,也就是先设nsw=100,收敛后, 再进行一次优化,基本就可以达到基态了.
3, 因为优化的时候是有算法的,你每 ...

呵呵，是啊。BOSS的话不听不行啊。呵呵。谢谢你的提示。。。
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计算的魅力
17楼2010-04-25 19:07:07
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wo8165827

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjyl at 2010-04-25 15:26:38:
脚本开头 是 顶格写
#!/bin/bash

没有bash你不写这行也无所谓的，反正又没有用什么bash特有的语法。
energy[$try]=$('grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk ' ...

好的。我试运下，谢谢大侠的帮助。
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计算的魅力
18楼2010-04-25 19:16:37
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wo8165827

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjyl at 2010-04-25 15:26:38:
脚本开头 是 顶格写
#!/bin/bash

没有bash你不写这行也无所谓的，反正又没有用什么bash特有的语法。
energy[$try]=$('grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk ' ...

还是出问题了，呵呵，麻烦你了。我把#!/bin/bash去了运行了错现了如下错误：

': not a valid identifier
./run: line 21: syntax error: unexpected end of file
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计算的魅力
19楼2010-04-25 20:37:27
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tjyl

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你看提示吧。。。
21行
你注意别写错了之类的
引用回帖:
Originally posted by wo8165827 at 2010-04-25 20:37:27:





还是出问题了，呵呵，麻烦你了。我把#!/bin/bash去了运行了错现了如下错误：

': not a valid identifier
./run: line 21: syntax error: unexpected end of file

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20楼2010-04-25 21:30:34
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