【求助】帮忙编个用于VASP小程序 - 第一性原理 - Vasp&MedeA - 第2页小木虫论坛-学术科研互动平台

计算的魅力

11楼2010-04-25 09:25:50

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wo8165827

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1446.6
散金: 63
红花: 4
帖子: 297
在线: 90.6小时
虫号: 612039
注册: 2008-09-25
性别: GG
专业: 金属材料的合金相、相变及

引用回帖:

刚运行了下，出错了。错误提示：
./run:/bin/bash:bad interpreter:没有那个文件。
可以帮忙下吗？
还有一个就是
你在程序中的
while [ $OK -eq 0 ]
do
vasp > log${try} &
wait
energy[$try]=$('grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk '{printf "%f \n", $5}'')
OK=$(grep $char log${try} |wc -l )
cp CONTCAR POSCAR
try=$(( try+1 ))
done
提取能量是我加的。不知道正确吗？

计算的魅力

12楼2010-04-25 10:03:22

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

tjyl

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 3218.1
红花: 2
帖子: 576
在线: 156.6小时
虫号: 765184
注册: 2009-05-07
专业: 生物无机化学
管辖: 程序语言

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

用grep 搜索含有关键字的行，然后使用 awk 提取出这行指定的列就是了

引用回帖:

Originally posted by wo8165827 at 2010-04-25 09:25:50:

能量哪里是用grep 提取就可以了吗？

13楼2010-04-25 10:11:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wo8165827

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1446.6
散金: 63
红花: 4
帖子: 297
在线: 90.6小时
虫号: 612039
注册: 2008-09-25
性别: GG
专业: 金属材料的合金相、相变及

引用回帖:

Originally posted by tjyl at 2010-04-25 10:11:45:
用grep 搜索含有关键字的行，然后使用 awk 提取出这行指定的列就是了

提示错误了。可以帮忙看看下吗？

计算的魅力

14楼2010-04-25 11:05:17

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞

1ST强帖: 3
应助: 51 (初中生)
贵宾: 0.481
金币: 1564.7
散金: 2975
红花: 34
帖子: 1278
在线: 241.4小时
虫号: 675997
注册: 2008-12-17
性别: GG
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

两种方法的结果应该相等。
出现不同一般有三种情况。
1，收敛参数精度不够.
2, 有时候一次收敛是不够的,也就是先设nsw=100,收敛后, 再进行一次优化,基本就可以达到基态了.
3, 因为优化的时候是有算法的,你每次停止后,前面储存的信息都没了,自然会重新找路径优化,所以路径上部会太一样. 也有可能结构发生了变化,也就是空间群发生了变化, 这个需要注意.
既然boss说了, 那就没办法了. Since boss is always right!

真理是一点点接近的！

15楼2010-04-25 12:23:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

tjyl

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 3218.1
红花: 2
帖子: 576
在线: 156.6小时
虫号: 765184
注册: 2009-05-07
专业: 生物无机化学
管辖: 程序语言

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

脚本开头是顶格写
#!/bin/bash

没有bash你不写这行也无所谓的，反正又没有用什么bash特有的语法。
energy[$try]=$('grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk '{printf "%f \n", $5}")

这行有点问题,要注意 ' ,"这些细节的地方
energy[$try]=$( grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk '{print $5}' )
在使用awk中的print和printf时，print类似echo,只是直接输出，当需要更多格式控制的时候使用printf, 其实你这里没有必要用printf，直接print还省事点的。

引用回帖:

Originally posted by wo8165827 at 2010-04-25 10:03:22:

刚运行了下，出错了。错误提示：
./run:/bin/bash:bad interpreter:没有那个文件。
可以帮忙下吗？
还有一个就是
你在程序中的
while [ $OK -eq 0 ]
do
vasp > log${try} &
wait
...

16楼2010-04-25 15:26:38

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wo8165827

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1446.6
散金: 63
红花: 4
帖子: 297
在线: 90.6小时
虫号: 612039
注册: 2008-09-25
性别: GG
专业: 金属材料的合金相、相变及

引用回帖:

Originally posted by gavinliu7390 at 2010-04-25 12:23:43:
两种方法的结果应该相等。
出现不同一般有三种情况。
1，收敛参数精度不够.
2, 有时候一次收敛是不够的,也就是先设nsw=100,收敛后, 再进行一次优化,基本就可以达到基态了.
3, 因为优化的时候是有算法的,你每 ...

呵呵，是啊。BOSS的话不听不行啊。呵呵。谢谢你的提示。。。

计算的魅力

17楼2010-04-25 19:07:07

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wo8165827

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1446.6
散金: 63
红花: 4
帖子: 297
在线: 90.6小时
虫号: 612039
注册: 2008-09-25
性别: GG
专业: 金属材料的合金相、相变及

引用回帖:

Originally posted by tjyl at 2010-04-25 15:26:38:
脚本开头是顶格写
#!/bin/bash

没有bash你不写这行也无所谓的，反正又没有用什么bash特有的语法。
energy[$try]=$('grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk ' ...

好的。我试运下，谢谢大侠的帮助。

计算的魅力

18楼2010-04-25 19:16:37

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wo8165827

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1446.6
散金: 63
红花: 4
帖子: 297
在线: 90.6小时
虫号: 612039
注册: 2008-09-25
性别: GG
专业: 金属材料的合金相、相变及

引用回帖:

还是出问题了，呵呵，麻烦你了。我把#!/bin/bash去了运行了错现了如下错误：

': not a valid identifier
./run: line 21: syntax error: unexpected end of file

计算的魅力

19楼2010-04-25 20:37:27

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

tjyl

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 3218.1
红花: 2
帖子: 576
在线: 156.6小时
虫号: 765184
注册: 2009-05-07
专业: 生物无机化学
管辖: 程序语言

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

你看提示吧。。。
21行
你注意别写错了之类的

引用回帖:

Originally posted by wo8165827 at 2010-04-25 20:37:27:

还是出问题了，呵呵，麻烦你了。我把#!/bin/bash去了运行了错现了如下错误：

': not a valid identifier
./run: line 21: syntax error: unexpected end of file