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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 细菌基因组分析——COGs如何分类？
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michael_sc

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌基因组分析——COGs如何分类？

最近在做一个细菌的基因组分析，里面需要对预测的蛋白做COGs分类。
上网查了下，主要是在NCBI上做的。
据说下了数据库之后本地blast可以做到批量处理
所以去FTP下了数据库，下了localblast程序，可是完全不知道如何下手啊。
求生信大神来个深入浅出的教程。
还有以前帖子上写的单独蛋白的COG分类（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/xognitor.html）已经被NCBI关了。
在新的NCBI COG页面上完全不提供单个比对，so该如何做单个比对呢？
跪谢啊！！
ps：我只用localblast 做过基因序列的批量处理，是网上查了代码，用perl做了个脚本做的。
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1楼 2013-11-28 11:54:04
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
直接利用在线的COG server (http://weizhong-lab.ucsd.edu/metagenomic-analysis/server/cog/)很快返回 COG分类结果。有兴趣还可以看看http://www.microbialgenomic.com/
赞一下 回复此楼
https://www.microbialgenomic.cn/
2楼2014-01-03 22:56:52
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