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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何查找基因保守序列
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永远一片天

新虫 (正式写手)

[求助] 如何查找基因保守序列

基因库GenBank: X17403.1，怎么找到该基因组的保守序列呢？谢谢~急
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1楼 2013-10-26 10:15:21
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867575969

至尊木虫 (著名写手)

One Piece
你构建的是什么的 genbank ？
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有些东西因为得不到而变得美好，有些东西因为拥有而变得弥足珍贵！
2楼2013-10-26 10:35:56
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永远一片天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 867575969 at 2013-10-26 10:35:56
你构建的是什么的 genbank ？

它就是DNA序列，整个基因组都在，可是不知道怎么查找保守序列？
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3楼2013-10-26 12:15:22
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-26 22:04:29
一个基因组怎么会有保守序列。。。。
你要去选择一部分基因或基因组 或者用BLAST找
然后把它们的序列导入Clustal进行比对
具体的方法小木虫上到处都是 善用搜索功能就可以了
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4楼2013-10-26 15:40:24
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夏橙秋蜜2333

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-26 22:04:32
这个基因在Genbank,里肯定有好多，你Blast后，会自动将重复序列较高的排在前面，然后把这几个重复率高的通过序列比对找这几个基因的同源序列，同源性高的就是
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5楼2013-10-26 16:05:05
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夏橙秋蜜2333

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-10-26 22:04:37
Blast 后，Genbank会把跟其他的序列比对重复性高的排在前面，你再把这些序列进行序列比对，看看序列里边重复区域，就是比较保守的
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6楼2013-10-26 16:07:43
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fanwq258

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-10-26 22:04:42
直接NCBI blast， 出来的红色框中相同位置的为保守序列
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
7楼2013-10-26 20:44:55
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