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sherryzhuang

新虫 (初入文坛)

[求助] SSR PCR 聚丙烯酰胺凝胶电泳条带问题

各位大神大家好,我是做黄瓜基因定位的,用QTL法。之前筛选亲本多态性引物时候没出现什么问题,现在用这些引物跑F2群体时候,各种问题……我用的是小板子,非变性聚丙酰胺凝胶电泳,150V-180V电压,2-3h。之前的引物是自己挑的退火温度,条带是这样的:对于F2来说条带是不是有点多啊?我的引物大小基本都在150-250bp之间,Marekr用的是20-500bp的,最左侧两个是亲本。可是昨天我用同样的方法和药品跑出来的却是这样的:条带怎么都在上面啊?180V,2个多小时,缓冲液也是新配的……连Marker都不清楚。两次只有引物和PCR程序不一样,可是我同学用的相同药品和程序,引物也差不多,只有DNA模板不一样,人家每次跑的可好了。我着急毕业啊,拜托各位大神帮帮我,谢谢啦……
SSR PCR 聚丙烯酰胺凝胶电泳条带问题
SSR21186.JPG


SSR PCR 聚丙烯酰胺凝胶电泳条带问题-1
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杨郭阳YGY

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sherryzhuang at 2013-10-23 21:49:48
好的,谢谢……...

请问,您重新合成引物了吗?跑出来效果如何,还有拖带不?我还想请教一个问题,就是条带如何读取与统计数据?
5楼2017-03-01 20:40:05
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-10-24 00:30:52
从上面有条带来看,你的DNA应该没有大问题。但是目标带出现严重拖尾现象,个人认为可能是SSR引物有问题,是不是你的引物时间久了。重新合成引物试一下。
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
2楼2013-10-18 11:03:34
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sherryzhuang

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 游侠892 at 2013-10-18 11:03:34
从上面有条带来看,你的DNA应该没有大问题。但是目标带出现严重拖尾现象,个人认为可能是SSR引物有问题,是不是你的引物时间久了。重新合成引物试一下。

好的,谢谢……
3楼2013-10-23 21:49:48
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小马哥CS

木虫 (著名写手)

能扩出东西,不是引物问题吧
4楼2014-03-19 20:49:21
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