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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » SSR PCR 聚丙烯酰胺凝胶电泳条带问题
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sherryzhuang

新虫 (初入文坛)

[求助] SSR PCR 聚丙烯酰胺凝胶电泳条带问题

各位大神大家好，我是做黄瓜基因定位的，用QTL法。之前筛选亲本多态性引物时候没出现什么问题，现在用这些引物跑F2群体时候，各种问题……我用的是小板子，非变性聚丙酰胺凝胶电泳，150V-180V电压，2-3h。之前的引物是自己挑的退火温度，条带是这样的：对于F2来说条带是不是有点多啊？我的引物大小基本都在150-250bp之间，Marekr用的是20-500bp的，最左侧两个是亲本。可是昨天我用同样的方法和药品跑出来的却是这样的：条带怎么都在上面啊？180V，2个多小时，缓冲液也是新配的……连Marker都不清楚。两次只有引物和PCR程序不一样，可是我同学用的相同药品和程序，引物也差不多，只有DNA模板不一样，人家每次跑的可好了。我着急毕业啊，拜托各位大神帮帮我，谢谢啦……
SSR PCR 聚丙烯酰胺凝胶电泳条带问题
SSR21186.JPG


SSR PCR 聚丙烯酰胺凝胶电泳条带问题-1
IMG_2041.JPG
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1楼 2013-10-18 10:12:52
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杨郭阳YGY

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sherryzhuang at 2013-10-23 21:49:48
好的，谢谢……...

请问，您重新合成引物了吗？跑出来效果如何，还有拖带不？我还想请教一个问题，就是条带如何读取与统计数据？
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5楼2017-03-01 20:40:05
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-10-24 00:30:52
从上面有条带来看，你的DNA应该没有大问题。但是目标带出现严重拖尾现象，个人认为可能是SSR引物有问题，是不是你的引物时间久了。重新合成引物试一下。
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索
2楼2013-10-18 11:03:34
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sherryzhuang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 游侠892 at 2013-10-18 11:03:34
从上面有条带来看，你的DNA应该没有大问题。但是目标带出现严重拖尾现象，个人认为可能是SSR引物有问题，是不是你的引物时间久了。重新合成引物试一下。

好的，谢谢……
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3楼2013-10-23 21:49:48
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小马哥CS

木虫 (著名写手)
能扩出东西，不是引物问题吧
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4楼2014-03-19 20:49:21
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