| 查看: 1439 | 回复: 3 | |||
[求助]
Autodock 参数设定问题
|
|
初学Autodock，请教几个问题： 1. 读到一篇使用Autodock4.2的文献中提到“Fifty docking runs with 10 trials in each run were performed for both dimer conformations, resulting in a total of 1000 docked structures”， 这是什么意思呢？是做了50次的docking吗？每次中ga_run 10？ 2. 如果我想做1000 个构象， 是应该一次做ga_run 1000， 还是做10 次docking 每次ga_run 100， 哪一个结果更合理呢？ 3. 结果处理中聚类rmsd大小的选择， autodock默认的是 2埃， recluster 对这个rmsd值的选择有什么原则吗？ 是要和受体分子的大小成一定比例吗？ 非常感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
材料与化工304求B区调剂
已经有7人回复
-
0703化学336分求调剂
已经有4人回复
-
[复试调剂]西南科技大学国防/材料导师推荐
已经有6人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有12人回复
-
211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习
已经有4人回复
-
材料专硕326求调剂
已经有5人回复
-
东南大学364求调剂
已经有5人回复
-
国自科面上基金字体
已经有7人回复
-
药学383 求调剂
已经有4人回复
-
286求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 气相色谱顶空进样参数设定
已经有5人回复
- 关于ArcGIS10.0的坐标设置问题
已经有4人回复
- 极化曲线 实验技术 参数设定
已经有4人回复
- VASP+phonopy INCAR 参数设定问题？
已经有12人回复
- spss 非线性回归如何设定参数初始值啊 ？ 急求
已经有6人回复
- 7890A-5975C关于数据处理积分参数的设定
已经有3人回复
- [求助] fluent设置参数时，工作区出现错误提示信息，求助是什么原因造成的？
已经有7人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- 高沸点物质，气相色谱参数设定！
已经有8人回复
- 使用autodock4.2处理分子对接问题，在run autogrid时总是出错，请各位高人指点啊？？
已经有10人回复
- Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
已经有18人回复
- 求助：origin8.0 自定义非线性拟合，参数拟合值与设定初始值一样
已经有18人回复
- AutoDock参数设置问题
已经有6人回复
- 【求助】关于autodock中grid的设定
已经有5人回复
- 【求助】分子对接软件到底哪个好？
已经有13人回复
- 【求助】求助pwscf一些参数的物理意义和设定经验
已经有13人回复
- 【讨论】autodock运行时间过长
已经有12人回复
- 【求助】Autodock运行时无法生成log文件？
已经有12人回复
- 【讨论】Tersoff potential 的参数怎么用Gulp实现
已经有6人回复
- 【求助】多空介质模型中参数如何设定？
已经有10人回复
- 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
已经有42人回复
- 【求助】chronoamperometry参数的设置
已经有14人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
我爱奶茶ing: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-09-25 19:24:55
感谢参与，应助指数 +1
我爱奶茶ing: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-09-25 19:24:55
|
1. 不知道这个dimer是设么样的dimer，如果是比较大蛋白质，不可能用autodock完成这个任务，因为autodock是进行大分子和小分子对接，小分子包括chemical和peptide，而它们的可转动键不能超过32，否则报错，终止运行。如果用autodock的vina程序，可以增加可转动键，但是也是有限的。如果你进行蛋白-蛋白对接，应选用替他dock程序，如Z-dock，可用其服务器。 2. 如果是大分子与小分子对接，一般你不需要获取这么多构象，选择题top10足够。一般来说是一次run获取足够的构象，但是autodock真的很慢，所以也许用多次run获取足够多构象。另外作者也许是评价重复性，所以用了多次run。 3. 一般来说，就dock而言，RMSD小于2一个可接受误差，所以小于2，可能被确定为误差，大于2可认为不同。RMSD越小，说明构象结构越趋近于相同。 4.请安装MGL tools，根据tools说明，很容易完成dock任务。 |
2楼2013-09-25 17:56:04
3楼2013-09-25 19:26:15
4楼2013-09-25 19:39:46
5