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Autodock 参数设定问题
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初学Autodock，请教几个问题： 1. 读到一篇使用Autodock4.2的文献中提到“Fifty docking runs with 10 trials in each run were performed for both dimer conformations, resulting in a total of 1000 docked structures”， 这是什么意思呢？是做了50次的docking吗？每次中ga_run 10？ 2. 如果我想做1000 个构象， 是应该一次做ga_run 1000， 还是做10 次docking 每次ga_run 100， 哪一个结果更合理呢？ 3. 结果处理中聚类rmsd大小的选择， autodock默认的是 2埃， recluster 对这个rmsd值的选择有什么原则吗？ 是要和受体分子的大小成一定比例吗？ 非常感谢！ |
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1. 不知道这个dimer是设么样的dimer，如果是比较大蛋白质，不可能用autodock完成这个任务，因为autodock是进行大分子和小分子对接，小分子包括chemical和peptide，而它们的可转动键不能超过32，否则报错，终止运行。如果用autodock的vina程序，可以增加可转动键，但是也是有限的。如果你进行蛋白-蛋白对接，应选用替他dock程序，如Z-dock，可用其服务器。 2. 如果是大分子与小分子对接，一般你不需要获取这么多构象，选择题top10足够。一般来说是一次run获取足够的构象，但是autodock真的很慢，所以也许用多次run获取足够多构象。另外作者也许是评价重复性，所以用了多次run。 3. 一般来说，就dock而言，RMSD小于2一个可接受误差，所以小于2，可能被确定为误差，大于2可认为不同。RMSD越小，说明构象结构越趋近于相同。 4.请安装MGL tools，根据tools说明，很容易完成dock任务。 |
2楼2013-09-25 17:56:04
3楼2013-09-25 19:26:15
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