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41XY

铁虫 (初入文坛)

[求助] namd模拟中重原子的固定

新人求助：
初学分子模拟，老师教namd，给的任务是跑完2YHC这个蛋白，可是这个蛋白晶体结构有残缺，从102-115残基都缺，老师又让先学modeller补全，补好之后要用namd对补出的那段（102-115）进行优化，分别有两个配置文件NVT.conf 和NPT.conf，我截取了101-116进行优化，先固定重原子（occupancy列重原子设置成1，氢原子设置0），  依次跑了NVT和NPT，之后放开重原子（配置文件里的一个选项设置成off），又依次跑了NPT和NVT，四步过程中101和116的所有原子（包括氢原子）的occupancy列我都设置是1（我想的是这样模拟完成之后101和116的坐标都没变很好回拼），这样在最后的一步NVT模拟后我将得到的dcd文件转化成pdb文件希望能拼回去可是发现101和116残基的坐标已经变了，老师说要经过平移旋转等操作接回去，现在我技术还没掌握，不过我却对模拟操作有疑问。
模拟操作第三步和第四步中要放开重原子，然后要把conf文件中原子约束行设置成off，这样我就纠结了，那我把101和116的所有原子都固定有什么意义呢，原子约束行设置成off后就不识别pdb文件中occupancy列的数字了吧，namd不会理解我想固定101和116的想法，这样得到的最终结果中101和116的坐标肯定会变。然后老师说可以通过平移旋转等接回去，我看了下101和116的坐标，他们和原坐标不具备简单的统一平移关系，如果硬要把坐标变回去可能会破坏优化的结果，这样优化就没有意义了，所以我怀疑优化过程中约束重原子部分的操作有问题，另一方面就是可能关于回拼的技术平移旋转部分有深意我理解不够，希望得到大家指点。
本人namd新手，老师给个方向自己摸索，理解不对之处多多，前段时间也发过类似的帖子这次是想印证下自己想法，说不清楚所以写的略多。
本人新虫，金币不多，希望有想法的前辈不嫌弃给个回复。谢谢啦。
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1楼 2013-09-08 10:16:36
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
41XY: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 2013-09-10 12:41:42
一般先固定重原子是把水跑平衡，让体系整体能量降低，然后在放开让体系自由运动
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2楼2013-09-09 11:15:03
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