| 查看: 1036 | 回复: 3 | |||
liulovewang新虫 (初入文坛)
|
[求助]
NAMD模拟过程的原子坐标
|
| NAMD模拟设置了一定时间间隔将原子坐标文件写入了dcd文件，怎么读取这个文件？我想知道过程中的原子坐标。谢谢大家。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 NAMD |
» 猜你喜欢
2026硕士调剂_能动_河南农业大学
已经有3人回复
-
290求调剂
已经有19人回复
-
化工求调剂！
已经有38人回复
-
297工科，求调剂?
已经有12人回复
-
材料工程085601，270求调剂
已经有40人回复
-
一志愿沪9，326求生物学调剂
已经有3人回复
-
材料复试求调剂
已经有22人回复
-
310求调剂
已经有15人回复
-
339求调剂
已经有4人回复
-
一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 蛋白质构象模拟
已经有12人回复
- 通过蛋白质骨架还原全原子坐标
已经有6人回复
- 请问，蛋白质分子在不同温度下的构象能否模拟出来？
已经有8人回复
- 从outcar中提取原子坐标的脚本
已经有14人回复
- 什么原因可能会引起MD时蛋白构象没有变化？
已经有5人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】如何显示晶胞结构中的原子编号与空间坐标？
已经有10人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
已经有22人回复
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
- 【求助】蛋白质的RMSD均方根差指的是什么
已经有8人回复
- 【求助】ms模型原子坐标的导出
已经有11人回复
- 【分享】【资源】计算模拟区区刊第一期正式发布
已经有6人回复
liulovewang
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 103.4
- 帖子: 45
- 在线: 30.8小时
- 虫号: 1703913
- 注册: 2012-03-20
- 性别: GG
- 专业: 机械动力学
2楼2013-01-16 21:59:16
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-19 14:02:34
liulovewang: 金币+10, ★★★很有帮助, 已解决，谢谢 2013-01-19 16:49:08
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-19 14:02:34
liulovewang: 金币+10, ★★★很有帮助, 已解决，谢谢 2013-01-19 16:49:08
|
建议好好学习一下VMD ： 坐标： mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd set sel [atomselect top "the atoms you need"] $sel get {x y z} 怎么替换，你懂的 怎么保存你去看手册 补充， 可以得到，具体你需要什么能量体系，去看看NAMD 手册 Pair_interactions |
3楼2013-01-16 22:14:57
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-01-17 20:05:44
