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liulovewang新虫 (初入文坛)
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[求助]
NAMD模拟过程的原子坐标
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| NAMD模拟设置了一定时间间隔将原子坐标文件写入了dcd文件，怎么读取这个文件？我想知道过程中的原子坐标。谢谢大家。 |
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 NAMD |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-19 14:02:34
liulovewang: 金币+10, ★★★很有帮助, 已解决，谢谢 2013-01-19 16:49:08
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zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-19 14:02:34
liulovewang: 金币+10, ★★★很有帮助, 已解决，谢谢 2013-01-19 16:49:08
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建议好好学习一下VMD ： 坐标： mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd set sel [atomselect top "the atoms you need"] $sel get {x y z} 怎么替换，你懂的 怎么保存你去看手册 补充， 可以得到，具体你需要什么能量体系，去看看NAMD 手册 Pair_interactions |
3楼2013-01-16 22:14:57
liulovewang
新虫 (初入文坛)
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2楼2013-01-16 21:59:16
fhh2626
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4楼2013-01-17 20:05:44