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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » NAMD模拟过程的原子坐标
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liulovewang

新虫 (初入文坛)

[求助] NAMD模拟过程的原子坐标

NAMD模拟设置了一定时间间隔将原子坐标文件写入了dcd文件，怎么读取这个文件？我想知道过程中的原子坐标。谢谢大家。
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1楼2013-01-16 21:57:12
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liulovewang

新虫 (初入文坛)
补充，是否能够得到每组坐标下对应的能量体系？
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2楼2013-01-16 21:59:16
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-19 14:02:34
liulovewang: 金币+10, ★★★很有帮助, 已解决，谢谢 2013-01-19 16:49:08
建议好好学习一下VMD ：
坐标：
mol load psf yourfile.psf dcd yourfile.dcd
set sel [atomselect top "the atoms you need"]
$sel get {x y z}

怎么替换，你懂的
怎么保存你去看手册

补充， 可以得到，具体你需要什么能量体系，去看看NAMD  手册 Pair_interactions
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3楼2013-01-16 22:14:57
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流，不过没有我说的方法简单哦。 2013-01-17 20:36:32
liulovewang: 金币+10, ★★★很有帮助, 已解决，谢谢 2013-01-19 16:49:23
先用VMD打开，然后另存为XYZ文件。。然后用EDITPLUS或者ULTRAEDIT或者记事本（这个会很长时间）打开，你就什么都看到了
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4楼2013-01-17 20:05:44
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