| 查看: 907 | 回复: 1 | ||
[求助]
namd模拟中重原子的固定
|
|
新人求助： 初学分子模拟，老师教namd，给的任务是跑完2YHC这个蛋白，可是这个蛋白晶体结构有残缺，从102-115残基都缺，老师又让先学modeller补全，补好之后要用namd对补出的那段（102-115）进行优化，分别有两个配置文件NVT.conf 和NPT.conf，我截取了101-116进行优化，先固定重原子（occupancy列重原子设置成1，氢原子设置0）， 依次跑了NVT和NPT，之后放开重原子（配置文件里的一个选项设置成off），又依次跑了NPT和NVT，四步过程中101和116的所有原子（包括氢原子）的occupancy列我都设置是1（我想的是这样模拟完成之后101和116的坐标都没变很好回拼），这样在最后的一步NVT模拟后我将得到的dcd文件转化成pdb文件希望能拼回去可是发现101和116残基的坐标已经变了，老师说要经过平移旋转等操作接回去，现在我技术还没掌握，不过我却对模拟操作有疑问。 模拟操作第三步和第四步中要放开重原子，然后要把conf文件中原子约束行设置成off，这样我就纠结了，那我把101和116的所有原子都固定有什么意义呢，原子约束行设置成off后就不识别pdb文件中occupancy列的数字了吧，namd不会理解我想固定101和116的想法，这样得到的最终结果中101和116的坐标肯定会变。然后老师说可以通过平移旋转等接回去，我看了下101和116的坐标，他们和原坐标不具备简单的统一平移关系，如果硬要把坐标变回去可能会破坏优化的结果，这样优化就没有意义了，所以我怀疑优化过程中约束重原子部分的操作有问题，另一方面就是可能关于回拼的技术平移旋转部分有深意我理解不够，希望得到大家指点。 本人namd新手，老师给个方向自己摸索，理解不对之处多多，前段时间也发过类似的帖子这次是想印证下自己想法，说不清楚所以写的略多。 本人新虫，金币不多，希望有想法的前辈不嫌弃给个回复。谢谢啦。 |
回复此楼» 猜你喜欢
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
不自信的我
已经有12人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有5人回复
-
所感
已经有4人回复
-
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有28人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
北核录用
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有3人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NAMD模拟对硬件的要求
已经有17人回复
- Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？
已经有4人回复
- namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
已经有6人回复
- lammps中原子固定
已经有4人回复
- NAMD模拟过程的原子坐标
已经有3人回复
- NAMD安装中的nanotubes.conf文件如何编写
已经有3人回复
- namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
已经有10人回复
- 关于NAMD mpi并行问题
已经有4人回复
- 如何 用高斯 固定部分原子 进行优化
已经有4人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】NAMD中的segment是什么意思？
已经有3人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】有没有用DS软件做细胞膜的模拟的？
已经有7人回复
- 【求助】Linux 下NAMD的单机版怎么安装？
已经有6人回复
- 【求助】namd tutorial遇到问题
已经有10人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
- 【分享】【资源】计算模拟区区刊第一期正式发布
已经有6人回复
- 计算模拟区区刊RCS第一期正式发布
已经有119人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-09-09 11:15:03