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法式小面包

铜虫 (小有名气)

[求助] 大肠启动子库

有没有哪个高手知道大肠的启动子的网站？可以分析启动子的各个元件的。最好包括目前常用的启动子，如果有相关的这些启动子的文献就更好了，跪求啊!
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1楼 2013-08-23 15:37:27
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
法式小面包: 金币+5 2013-08-27 14:12:33
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-08-27 21:58:55
T7识别序列可以看这个http://parts.igem.org/Help  ，不需要sigma factor 通过突变T7RNAP可以可以识别不同的T7promoter，具体看Andrew Ellington的文章。最常用的pet系统包括这么几部分。
T7下游有一个LacO1，DE3中T7RNAP的promoter是LacUV5，在+1site后面也有一个LacO1 site 所以T7RNAP和T7 promoter同时被LacI抑制。此外T7TNAP活性会被T7lysozyme抑制。

Trc是E coli的Trp promoter的-35site（TTGACA hexmer）+LacUV5的-10site（TATAAT），中间是17bp的spacer，也就是没有up elements的Ecoli sigma70 consensus 识别序列。在+1site后面有一个LacO1binding site

你说的Lac promoter我理解为ecoli的Lac operon promoter。 这个promoter核心部分是
TTTACA（-35）+18bp spacer+TATGTT（-10）其他没啥特别的，原始活性不强
这个promoter调控部分在+1后面有一个LacO1site， 在LacX（LacZYA具体基因我忘记了）后面或者里面有一个LacO2 binding site，在-35距离12bp地方上游有一个Crp位点（激活作用）再往上-100左右有一个LacO3binding site，其中LacI四聚体可以结合两个LacO位点，形成loop抑制基因表达。（LacUV5就是把-10换成TATAAT）

T5核心部分是TTGCTT(-35)+17bp spacer+TATAAT(-10)
上游-60以内有大量连续AAA/TTT序列可以和Ecoli的RNAP ahpha 亚基结合，增强活性。上游-100以内有一个LacO1 +1后有一个LacO1，可以和LacI四聚体结合形成loop抑制转录
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6楼2013-08-26 12:27:04
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酶切专家

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励应助！ 2013-08-24 02:08:33
http://parts.igem.org/Promoters/ ... /Ecoli/Constitutive
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2楼2013-08-23 21:57:02
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法式小面包

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 酶切专家 at 2013-08-23 21:57:02
http://parts.igem.org/Promoters/Catalog/Ecoli/Constitutive?title=Promoters/Catalog/Ecoli/Constitutive

有 没有E. coli 表达外源蛋白时常用的一些启动子的信息，他们的结构什么的。
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3楼2013-08-25 13:46:00
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
请指明特别的启动子，没大有这方面的review和网站，上面那个igem算是比较好的了，但标注依然不完全，而且有很多错，基于sigma70的启动子，大体就是（up elements）-（-35 to -30）-（16-18bp spacer）-（-12-7）-（6bp discriminator）- （+1），T7 SP6啥有特定聚合酶的不一样。
不过你特别指明的话，可以写给你
比如T7  ptrc  ptac pLlac  pA1Lac  pLtet  pLac/Ara  pBad  T5 你想知道哪些。
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4楼2013-08-25 21:10:42
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