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小小佐罗2

木虫 (正式写手)

[求助] 菌株16s鉴定(系统发育树)

大家好:最近在做细菌的16s的鉴定工作,遇到很多问题,想向大家请教一下,首先我用了16s通用引物进行测序,测序结果在NCBI上进行BLAST比对,结果发现和很多菌的同源性都在99%,最后查了一些资料通过系统发育树来鉴定,于是下载了同源性>98%的标准菌株16s序列利用mega5建立系统发育树,结果没有和一种菌在同一枝上面,附图,第一次做也不知道问题出在哪里,只是想通过系统发育树找到最近的那个菌株初步确定菌株种属。还望大神指点!谢谢!
菌株16s鉴定(系统发育树)
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小小佐罗2

木虫 (正式写手)

求帮助啊
2楼2013-08-13 09:04:41
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hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小小佐罗2: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢你的帮助,现在做不了生化鉴定 头大 2013-08-17 20:19:13
利用MEGA估算下J113和这几种标准菌株的进化距离,有可能进化距离也相同。
从你的进化树上,我发现已经可以确定J113是乳杆菌属乳酸菌,只是亚种不同,16S的结果只能很准确的反映属的特异性,对少数种也很精确,我想你的情况用16S确定后面的不可行,你尝试做其他实验来区分这几个亚种吧,不如查资料做做生理生化区分实验,有条件最好做一下杂交看看
兴趣是第一导师,我爱它,因此我毫无疲倦的探索
3楼2013-08-13 15:42:10
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lilongping

新虫 (正式写手)

哈哈哈
4楼2013-08-15 11:06:42
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