版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (2360)
>休闲灌水 (1286)
>基金申请 (388)
>虫友互识 (163)
>有奖起名 (162)
>健康生活 (87)
>论文投稿 (74)
>导师招生 (48)
>硕博家园 (45)
>考博 (42)
>留学DIY (32)
>文献求助 (20)
>考研 (17)
>公派出国 (16)
>博后之家 (15)
>教师之家 (12)

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

应助: 177 (高中生)
金币: 55.7
散金: 1753
红花: 10
帖子: 481
在线: 121.8小时
虫号: 2359312
注册: 2013-03-19
专业: 蛋白质组学

[求助] 蛋白蛋白对接用什么软件好呢？

蛋白蛋白对接用什么软件好呢？ZDOCK和Rdock有没有图形界面啊？

回复此楼

» 猜你喜欢

2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？已经有23人回复
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急已经有5人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急已经有5人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急已经有4人回复
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急已经有4人回复
今天务委会开完了，明天出结果吗已经有22人回复
在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。已经有9人回复
明天应该可查了！？已经有6人回复
有没有大神帮我看看基金代码已经有10人回复
放榜前的不淡定已经有19人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

sybyl , 无配体对接已经有6人回复
如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件已经有8人回复
autodock对接时蛋白的处理问题已经有6人回复
脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？已经有6人回复
分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗已经有9人回复
怎么用DS寻找蛋白的结合位点或者是活性位点？已经有3人回复
蛋白质中有杂原子怎么做对接啊已经有8人回复
在线蛋白分析软件expasy怎么用已经有6人回复
蛋白质信号肽预测的相关软件已经有8人回复
求助：蛋白质对接分子动力学已经有10人回复
蛋白分子建模小分子化合物画图酶与配体的分子模拟已经有11人回复
surflex-dock对接问题已经有3人回复
做分子的兄弟姐妹们平时常用的设计分析软件都有哪些呢？给新手指点一下吧O(∩_∩)O 已经有5人回复
如何做一个小分子化合物与蛋白结构的Binding 已经有11人回复
分子模拟时间越长越好吗？已经有44人回复
【讨论】有什么好的软件可以比较合理的构建分子的立体结构？已经有14人回复
【求助】分子对接软件到底哪个好？已经有13人回复
【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖已经有35人回复
【求助】现在还有没有可用的可画蛋白质拓扑结构的软件或网站？已经有4人回复

1楼 2013-07-22 08:23:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

加速度123

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 150.2
帖子: 107
在线: 102.1小时
虫号: 2668140
注册: 2013-09-21
专业: 生物物理、生物化学与分子

引用回帖:

4楼: Originally posted by longlongdlut at 2013-07-22 20:47:02
推荐用HEX对接软件，HEX对接软件可以在linux和windows下运行，简单易操作；不会用hex软件的话，可以用HEX server ，只要提供两个蛋白的pdb代码即可，对接几分钟搞定，然后用pymol分析结果

HEX server还需要连接CPU或GPU吗？我打开这个在线服务器，说Could not connect to database - the compute cluster is probably off-line。

赞一下

回复此楼

5楼2018-07-12 10:13:24

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 5 个回答

笑盲虫

木虫 (著名写手)

应助: 216 (大学生)
金币: 1209.1
散金: 2866
红花: 36
帖子: 1470
在线: 456.2小时
虫号: 292993
注册: 2006-11-04
性别: GG
专业: 质谱分析

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
pymol: 金币+5, ★有帮助 2013-07-22 20:47:44

autodock 做对接然后用pymol做图形处理，两者结合

赞一下

回复此楼

用文字走路，用行动分析

2楼2013-07-22 08:38:31

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

雨落天晴

新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 300.5
帖子: 2
在线: 7.7小时
虫号: 2174974
注册: 2012-12-08
专业: 蛋白质组学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
pymol: 金币+5, ★有帮助 2013-07-22 20:47:52

GRAMM-X: http://vakser.bioinformatics.ku.edu/resources/gramm/grammx这个不错～～～

赞一下

回复此楼

3楼2013-07-22 16:40:21

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

longlongdlut

铜虫 (小有名气)

应助: 13 (小学生)
金币: 31.1
散金: 199
帖子: 52
在线: 18.1小时
虫号: 2211881
注册: 2012-12-28
性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
pymol: 金币+40, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2013-07-22 20:48:10

推荐用HEX对接软件，HEX对接软件可以在linux和windows下运行，简单易操作；不会用hex软件的话，可以用HEX server ，只要提供两个蛋白的pdb代码即可，对接几分钟搞定，然后用pymol分析结果

赞一下

回复此楼

4楼2013-07-22 20:47:02

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 5 个回答

最具人气热帖推荐 [查看全部]		作者	回/看	最后发表

[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3	PbwVEMK5haaE 2026-08-25	5/250	2026-08-26 05:09 by cNXvBfCpiZOM
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3	7K1CJE38xLG4 2026-08-25	4/200	2026-08-26 02:04 by cNXvBfCpiZOM
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3	7K1CJE38xLG4 2026-08-25	4/200	2026-08-26 02:04 by cNXvBfCpiZOM
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +18	angus9576 2026-08-25	22/1100	2026-08-26 00:41 by merchancy
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6	chengyan1220 2026-08-23	6/300	2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 有没有大神帮我看看基金代码 28+4	1234567wang 2026-08-24	10/500	2026-08-25 19:15 by lfy8008
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4	snowwithsea 2026-08-19	19/950	2026-08-25 17:57 by chick875
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9	yuleib84 2026-08-25	10/500	2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +20	羊腰板 2026-08-21	23/1150	2026-08-25 16:34 by zsna
[基金申请] 人气不行了 +11	fansofjerry 2026-08-21	11/550	2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5	process2012 2026-08-23	7/350	2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +17	kkkl_v 2026-08-19	18/900	2026-08-25 09:41 by windflowerwy
[基金申请] 我面上完蛋了 +13	且听虎啸 2026-08-20	14/700	2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +7	炎黄贵胄 2026-08-22	8/400	2026-08-25 08:48 by ZJTJZ
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14	ziyangfang 2026-08-19	17/850	2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13	kulium 2026-08-21	16/800	2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 科研孤儿太难了 +18	我4大白菜 2026-08-20	19/950	2026-08-24 09:47 by 凯恩广盛催化分�
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5	archvillain 2026-08-20	5/250	2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13	wuchongjun 2026-08-20	19/950	2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9	yuleib84 2026-08-19	11/550	2026-08-21 10:06 by gltch