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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 蛋白质中有杂原子怎么做对接啊
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shuifen1108

金虫 (正式写手)

[求助] 蛋白质中有杂原子怎么做对接啊

我在建模的过程中在蛋白质中引入了杂原子，结果蛋白质的模型就不能够优化了，分子对接也坐不了，我想问一下，有什么办法可以保留杂原子然后进行模型优化和分子对接。谢谢！
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1楼 2012-09-18 14:55:19
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shuifen1108

金虫 (正式写手)
我用autodock做对接的
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2楼2012-09-18 14:55:45
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-18 20:12:05
要是金属离子的话ad应该还是可以做对接的~你的优化指的是什么方法？
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3楼2012-09-18 16:14:38
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shuifen1108

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-09-18 16:14:38
要是金属离子的话ad应该还是可以做对接的~你的优化指的是什么方法？

我的蛋白质中含As和Cl，用autodock对接的时候出现错误，显示As不能被识别，不知道用什么方法可以消除这种错误
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4楼2012-09-18 21:11:52
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-18 23:36:07
引用回帖:
4楼: Originally posted by shuifen1108 at 2012-09-18 21:11:52
我的蛋白质中含As和Cl，用autodock对接的时候出现错误，显示As不能被识别，不知道用什么方法可以消除这种错误...

还有含As的蛋白啊~高级啊~AD4貌似没有As的力场~估计够呛能做
附：AUTODOCK支持的原子类型
http://iop.vast.ac.vn/theor/conf ... ock/parameters.html

[ Last edited by zh1987hs on 2012-9-18 at 21:26 ]
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5楼2012-09-18 21:22:57
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shuifen1108

金虫 (正式写手)
ADT4.0现在可以支持一些金属Fe，Zn，Ca等常用金属，还是不支持As，我在想能不能用P代替As来做
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6楼2012-09-19 19:07:37
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shuifen1108

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-09-18 21:22:57
还有含As的蛋白啊~高级啊~AD4貌似没有As的力场~估计够呛能做
附：AUTODOCK支持的原子类型
http://iop.vast.ac.vn/theor/conferences/smp/1st/kaminuma/AutoDock/parameters.html
...

其实不是含As的蛋白，就是我在建模的过程中把小分子加进去了，想用这个蛋白再对接下一个小分子
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7楼2012-09-19 19:08:54
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zhang_chen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-09-19 22:54:02
可以用GOLD试试。gld处理金属离子还是不错的。
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8楼2012-09-19 21:14:10
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shuifen1108

金虫 (正式写手)
好的  我试一下，谢谢啊
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9楼2012-09-20 09:33:57
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