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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活

[求助] 转录组分析显著基因只有5个,原因何在?

分析衣藻油脂代谢,油脂含量和生物量差别都很大,为啥转录组分析显著记忆只有五个?


这个太离谱了。


转录组分析需要注意什么?


只有建设性意见会给金币,灌水的抱歉。
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genomelin

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
137167741: 金币+2, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-17 21:49:41
marineman: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 希望继续讨论 2013-07-18 06:59:16
你用的对照组可能不是很恰当,多数的tools 寻找差异基因基于不同对照整体转录的背景被视为是相同的,通过拟合不同曲线来判断置信区间,如果你两个sample 本身差异非常大的话,任何工具处理的时候方差太大,可信差异基因就会非常非常的少,
你可以先画个表达背景的density distribution先看看,另外在call DEG时候,是否有replication, 用的工具什么的都有很大的差别
2楼2013-07-17 18:46:00
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活

“如果你两个sample 本身差异非常大的话,任何工具处理的时候方差太大,可信差异基因就会非常非常的少”

我们两个sample用了同一种藻的不同株,差别是油脂合成等有差异。
3楼2013-07-18 07:02:01
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