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今夜无风铜虫 (小有名气)
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[求助]
真核基因的转录终止位点如何获得的？
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我对生物学不是很了解，对基因的转录终止位点有几点疑问，希望大虾给与指点，谢谢！ 编码基因的转录终止位点距离加A端还有可能有几个甚至上千个bp，转录后加A以后的序列就被分解掉了，这样的话如何获得基因的转录终止位点，在UCSC上下载的人类基因的注释中含有txEnd，注明基因的转录终止位点，这个txEnd就是真正的基因的转录终止位点么？ 查相关文献书基因的转录终止有两类，依赖 ρ和不依赖ρ两类，如何知道一个基因的转录终止是哪一类的，有没有专门的数据库？ |
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 【分子生物】EPI帖 |
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Davidzjy
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-07-24 20:56:36
amisking: 回帖置顶 2012-07-24 20:56:37
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（系统提示我的叙述中包含min gan信息。。。。。 我只好一段一段贴出来 慢慢筛查哪里碰了红线。。。 请见谅） 确定终止位点还是很容易的 首先不管哪一种终止方式 其序列都有一定的特点（下文详述） 另外 现在对于转录的研究主要是对于原核生物（真核生物的mRNA在离开核前就已经被剪切修饰过了 无法得知它的变化过程）因此 对mRNA分子进行分析就可以得到序列了 不同的基因（即使是同一个生物 甚至同一个细胞中）对应的转录终止方式可能不同 具体的需要进行单独查对 你所说的txEnd就是基因中对应的转录终止区域 |
2楼2012-07-24 16:43:17
Davidzjy
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【答案】应助回帖
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今夜无风: 金币+2, ★有帮助, 谢谢楼主说了很多关于转录终止的内容，机制有点清楚，关注有些问题还是没有讲明白 2012-09-26 09:08:19
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 三贴合一，一起给予EPI,欢迎常来 2012-09-26 14:24:48
今夜无风: 金币+2, ★有帮助, 谢谢楼主说了很多关于转录终止的内容，机制有点清楚，关注有些问题还是没有讲明白 2012-09-26 09:08:19
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 三贴合一，一起给予EPI,欢迎常来 2012-09-26 14:24:48
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下面详细说一下两种转录终止方式： 1 依赖 ρ转录（Rho-dependent transcription）如这个附件里的图片所示 http://kuai.xunlei.com/d/GCVTVLNUXZBZ?p=130497 在转录过程中 Rho的6聚体会与合成出来的RNA链结合 通过消耗ATP向下游运动 （图中的rut是rho utilization site就是Rho与RNA的结合位置 ） RNA聚合酶在合成RNA的过程中会停在这个rut对应DNA位置下游100bp左右的Rho-sensitive pause site（见图第二部分） 当Rho运动到RNA聚合酶附近的位置时 会消耗ATP而把DNA-RNA双链分开（图中Rho unwind RNA  NA hybrid）这样 合成好的mRNA就被释放 而DNA双链也被恢复 转录过程结束 这种基因的特点就是——含有rut（70个左右，多C少G）和Rho-sensitive pause site |
3楼2012-07-24 16:45:49
Davidzjy
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amisking: 回帖置顶 2012-07-24 20:56:39
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2 非依赖 ρ转录（Rho-independent transcription）这个比较简单 就不贴图了 RNA靠近终止区的片段会形成一种"茎-环结构"（stem-loop，google一下就有图片） 可以破坏RNA聚合酶的构像（结构）从而达到阻止RNA继续合成的目的 与此同时 RNA聚合酶附近的DNA片段富含腺嘌呤（poly-A） 而对应合成出来RNA的片段富含尿嘧啶（poly-U） A-U配对是所有碱基对中结构最不稳定的 这样 转录泡（RNA聚合酶包裹的部分）中的两股DNA容易恢复双链 释放出产物RNA 结束转录过程 这种基因的特点是——模板DNA在终止位点附近有特殊的连续T序列 在连续T之前有富含GC互补区及几个其他碱基（对应RNA中stem-loop的片段） |
4楼2012-07-24 16:46:16
今夜无风
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5楼2012-09-26 09:15:17
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6楼2012-09-26 09:15:55
