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waterworld

木虫 (正式写手)

[求助] 只知道基因CDS区序列,如何扩增该基因的启动子

如题,我想克隆山羊一个基因的启动子,CDS区已经由本实验室另外的师妹克隆出来,本来想克隆5‘RACE之后找到转录起始位点,再克隆启动子的,但是最近发现5'RACE试剂盒用完啦,那个试剂盒比较贵,再买一个的可能性不是很大。所以目前在这种情况下如何克隆该基因的启动子。
还有,山羊和牛的相似性很高,可以参考牛的基因组序列,查到NCBI中有牛的mRNA序列,但是只有部分5’RACE序列,不到100bp的样子。。。因为目前山羊的基因组还没有公布,我们克隆山羊的启动子一般都是根据牛的基因组序列设计,不知道在有这些信息的情况下怎么设计引物克隆????求各位大神指教!!!
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platanus

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


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waterworld: 金币+1, ★★★★★最佳答案 2013-06-18 16:34:26
如果已经拿到了CDS区的话,根据序列进行同源比对,初步确定内含子的位子,再根据序列设计特异引物,采用热不对称PCR扩增,这个方法扩增未知序列效率比较高,或者采用染色体步移法也可以!
9楼2013-06-18 15:00:15
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