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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)

[求助] AFLP预扩增没有条带 已有1人参与

酶切连接完跑胶条带不是很亮,而且预扩跑完胶什么都没有,是什么问题?

步骤跟用量如下:
1.3.1  限制性酶切及连接

     在0.5ml离心管中加入(20 ul)

                        对照                      样品

     对照模板DNA         4(50ng/ul)

DNA模板(浓度:1ul电泳可见即可,或50ng/ul)       4ul                                 

     adapter              1ul                       1ul

     EcoR I/Mse I         2ul                        2ul

     10XReaction buffer    2.5ul                      2.5ul

     10mM ATP           2.5ul                      2.5ul

T4 Ligase            1ul                        1ul

     AFLP-Water          7ul                        7ul

     混匀离心数秒 37℃保温5小时 ,8℃保温4小时,4℃过夜。

1.3.2  预扩增反映

     在0.5ml或0.2ml离心管中按下列方式加入:体积(25 ul)

模板DNA                       2ul

Pre-ampmix                      1ul

dNTP                           0.5ul

10×PCR buffer                   2.5ul

Taq DNA polymerase              0.5ul

AFLP-Water                     18.5ul

离心数秒,按下列参数进行PCR扩增

①    预变性 94℃ 2min

②    94℃ 30S,56℃ 30S,72℃ 80S(循环30轮)

③    延伸加时72℃ 5min

1.3.3  选择性PCR扩增

     ⑴ 需选择引物对。()

     ⑵ 用AFLP-TE将预扩增产物按1:20稀释,作为选扩模板。

⑶ 在0.5ml或0.2ml离心管中,按下列方式加入:体积(20ul体系)

      预扩增稀释样品                 2ul

      10×PCR buffer                  2.5ul

dNTP                          0.5ul

EcoRI 引物                     1ul(共8种,)

      MseI 引物                      1ul(共2种,)

      Taq 酶                         0.5ul

      AFLP-Water                     17.5ul

     以上混匀,离心数秒,按下列参数PCR循环。

①    预变性 94℃ 2min

②    第一轮扩增参数:94℃ 30S, 65℃ 30S,72℃ 80S

    ③ 以后每轮循环温度递减0.7或1℃,扩增14或10轮。

       注:递减0.7℃,则扩增14轮,递减1℃则扩增10轮。

④ 接着按下列参数扩增23轮

       94℃ 30S,55℃ 30S,72℃ 80S

    ⑤ 延伸加时 72℃ 5min
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zhangyonghu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你是不是用的鼎国的盒子啊?
2楼2013-06-27 16:01:37
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lwlskydy

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主,你好!
你酶切和连接一起做可行吗?不是应该酶切后加热使内切酶失活,再加入ATP和T4 DNA连接酶吗?
你的ATP是用什么来溶解的?
戒急用忍
3楼2014-10-24 17:14:20
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