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yida

木虫 (小有名气)

[求助] 动力学MSD分析

我做的是有机小分子和金表面的相互作用,对模型结构结构优化后先用500ps NVT平衡,后用5ns的NVE动力学分析数据,得到的MSD图很难看,后来将动力学时间增加到15ns,结果仍然不好,体系见下图,求高手解惑
动力学MSD分析
clip_image002.jpg


动力学MSD分析-1
5ns NVE.jpg


动力学MSD分析-2
15NS NVE.jpg
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