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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 怎么分析分子动力学模块cp.x的运算结果？
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 怎么分析分子动力学模块cp.x的运算结果？

如题。espresso 里example 18 以及随后的几个例子就是运用cp.x进行动力学计算。比如18里，对sio2的计算输入文件sio2.cp.start.in：
&control
    calculation='cp',
    restart_mode='from_scratch',
    nstep=20, iprint=20, isave=20,
    dt=5.0,
    ndr=90, ndw=91,
    pseudo_dir='/home/huazhong/espresso/pseudo/',
    outdir='/home/huazhong/tmp/',
/
&system
    ibrav=8, celldm(1)=9.28990, celldm(2)=1.73206, celldm(3)=1.09955,
    nat=18, ntyp=2, nbnd=48, nspin=1,
    ecutwfc=20.0, ecutrho=150.0,
    nr1b=16, nr2b=16, nr3b=16,
    qcutz=150., q2sigma=2.0, ecfixed=16.0,
/
&electrons
    electron_dynamics='damp', electron_damping=0.2,
    startingwfc='random', ampre=0.01,
    emass=700., emass_cutoff=3.,
/
&ions
    ion_dynamics='none',
    ion_radius(1)=1.0, ion_radius(2)=1.0,
/
ATOMIC_SPECIES
   O  16.00 O.pz-rrkjus.UPF
  Si  28.00 Si.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS
O  3.18829368  14.83237039   1.22882961
O  7.83231469   6.78704039   1.22882961
O  2.07443467   5.99537992   4.73758250
O  6.72031366  14.04231898   4.73758250
O  3.96307134  11.26989826   7.87860582
O  8.60802134   3.22295920   7.87860582
O  3.96307134   4.81915267   9.14625133
O  8.60802134  12.86448267   9.14625133
O  3.18736469   1.25668055   5.58029607
O  7.83324368   9.30201055   5.58029607
O  2.07536366  10.09206195   2.07358613
O  6.71938467   2.04673195   2.07358613
Si  0.28891589   8.04533000   3.40456284
Si  4.93386589   0.00000000   3.40456284
Si  2.13389003  12.27717358  -0.04188031
Si  6.77884003   4.23184358  -0.04188031
Si  2.13389003   3.81348642   6.85202747
Si  6.77884003  11.85881642   6.8520274

这个输入文件可以用xcrysden查看结构。其对应的输出文件为sio2.cp.start.out，可是这个输出文件用xcrysden不能查看结构，运行完后几何结构变成什么样了，也不知道。那么怎么分析这个输出文件？请各位仁兄、大侠前来指点。(输出文件sio2.cp.start.out见附件)[ Last edited by huazhorg on 2012-11-27 at 22:06 ]
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  • 附件 1 : sio2.cp.start.out
    • 2012-11-27 22:06:16, 15.82 K

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1楼2012-11-27 22:00:00
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huazhorg: 金币+2, ★有帮助, 谢谢指点 2012-11-28 16:38:08
huazhorg: 回帖置顶 2012-11-29 17:13:58
建议你先看一些有关cpmd或cp.x的网上教程。
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2楼2012-11-28 16:07:21
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-28 16:07:21
建议你先看一些有关cpmd或cp.x的网上教程。

谢谢侯老师，很高兴得到您的指点。看了一些教程，似乎略有点明白。它的优化坐标不是放在out文件里，而是放在outdir里一个‘prefix’.pos文件里吧，比如我算了一个水分子的优化，它的坐标是不是这个文件：
    150  0.01456168
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.675162E+01  0.468700E+01  0.509543E+01
  0.481703E+01  0.681514E+01  0.494747E+01
    160  0.01577113
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.653486E+01  0.438670E+01  0.541771E+01
  0.495464E+01  0.677315E+01  0.477299E+01
    170  0.01698057
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.650987E+01  0.424898E+01  0.556919E+01
  0.502422E+01  0.677687E+01  0.469369E+01
    180  0.01819001
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.652258E+01  0.419161E+01  0.564499E+01
  0.507221E+01  0.679087E+01  0.465831E+01
    190  0.01939945
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.653114E+01  0.418351E+01  0.567759E+01
  0.511155E+01  0.680055E+01  0.464628E+01
    200  0.02060889
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.653185E+01  0.420141E+01  0.568724E+01
  0.514636E+01  0.680329E+01  0.464624E+01
    210  0.02181834
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.653089E+01  0.422882E+01  0.568727E+01
  0.517752E+01  0.680156E+01  0.465167E+01
    220  0.02302778
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.653328E+01  0.425626E+01  0.568513E+01
  0.520506E+01  0.679849E+01  0.465888E+01
    230  0.02423722
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.654017E+01  0.427980E+01  0.568387E+01
  0.522899E+01  0.679605E+01  0.466601E+01
    240  0.02544666
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.654995E+01  0.429893E+01  0.568389E+01
  0.524946E+01  0.679487E+01  0.467228E+01
    250  0.02665611
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.656023E+01  0.431446E+01  0.568456E+01
  0.526672E+01  0.679468E+01  0.467751E+01
    260  0.02786555
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.656927E+01  0.432735E+01  0.568528E+01
  0.528110E+01  0.679498E+01  0.468180E+01
    270  0.02907499
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.657642E+01  0.433824E+01  0.568574E+01
  0.529294E+01  0.679531E+01  0.468528E+01
    280  0.03028443
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.658176E+01  0.434747E+01  0.568594E+01
  0.530259E+01  0.679548E+01  0.468808E+01
    290  0.03149387
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.658574E+01  0.435520E+01  0.568601E+01
  0.531038E+01  0.679547E+01  0.469031E+01
    300  0.03270332
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.658877E+01  0.436158E+01  0.568607E+01
  0.531662E+01  0.679534E+01  0.469205E+01
    310  0.03391276
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.659119E+01  0.436678E+01  0.568619E+01
  0.532158E+01  0.679517E+01  0.469337E+01
    320  0.03512220
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.659315E+01  0.437096E+01  0.568638E+01
  0.532550E+01  0.679501E+01  0.469434E+01
    330  0.03633164
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.659475E+01  0.437434E+01  0.568664E+01
  0.532858E+01  0.679489E+01  0.469502E+01
    340  0.03754108
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.659604E+01  0.437706E+01  0.568694E+01
  0.533098E+01  0.679480E+01  0.469545E+01

这个坐标是不是它的优化过程？另外怎么可视化这个过程呢，是不是要写个脚本把它转化成xyz的格式，然后再用xmakemol等这样的小工具来看优化过程？感觉这样好麻烦呢。。
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3楼2012-11-28 17:04:42
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
huazhorg: 金币+3, ★有帮助, 谢谢！ 2012-11-29 11:27:58
liliangfang: 金币+2, 应助指数+1, 专家考核, 谢谢交流 2012-12-01 20:21:36
该程序提供了一个cppp.x的模块，可进行数据处理。有关cppp.x模块的使用，请看CPV/Doc里的手册。
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4楼2012-11-29 08:20:11
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-29 08:20:11
该程序提供了一个cppp.x的模块，可进行数据处理。有关cppp.x模块的使用，请看CPV/Doc里的手册。

谢谢侯老师！我先用cp.x进行了优化，然后用cppp.x处理数据，但是cppp.x没有一次能运行成功，多次修改里的参数也不行，这是cppp.x的输入文件，请您帮我诊断一下：
&inputpp
  outdir = './tmp/',
  prefix = 'h2o_mol',
  fileout = 'h2o_mol_dens',
  output = 'xsf',
  ndr=51,
  lcharge=.TRUE.,
  atomic_number(1)=8
  atomic_number(2)=1
/

运行结果总是为：
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
     from  cppp  : error #         1
      IONS not found in data-file.xml
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

     stopping ...

这是怎么回事？
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5楼2012-11-29 11:30:32
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
我是按照这上面的步骤操作的，怎么也会出错：
http://www.fisica.uniud.it/~giannozz/QE-Tutorial/tutorial_cp.html
（运行例子也是下载这个页面上的。）
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6楼2012-11-29 11:33:14
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
huazhorg: 金币+2, ★有帮助, 谢谢！ 2012-11-29 14:05:09
liliangfang: 金币+2, 谢谢指教 2013-01-26 15:23:32
很显然。你的cppp.x输入文件中某个变量的值设置有误。特别是：outdir ，它的值需与cp.x的输入文件里的值一样，这样cppp.x才能正确读入cp.x所产生的一些输出文件。
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7楼2012-11-29 12:52:09
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-29 12:52:09
很显然。你的cppp.x输入文件中某个变量的值设置有误。特别是：outdir ，它的值需与cp.x的输入文件里的值一样，这样cppp.x才能正确读入cp.x所产生的一些输出文件。

outdir 的位置设置都是一样的：
grep outdir *.in
h2o_mol1.in:  outdir = './tmp/'
h2o_mol2.in:  outdir = './tmp/'
h2o_mol3.in:  outdir = './tmp/'
h2o_mol.cp-dens.in:  outdir='./tmp/'
h2o_mol.cppp-dens.in:  outdir = './tmp/',
是不是其他地方有错误呢？
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8楼2012-11-29 14:04:41
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铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-29 12:52:09
很显然。你的cppp.x输入文件中某个变量的值设置有误。特别是：outdir ，它的值需与cp.x的输入文件里的值一样，这样cppp.x才能正确读入cp.x所产生的一些输出文件。

h2o_mol1.in，h2o_mol2.in，h2o_mol3.in，h2o_mol.cp-dens.in这几个都能正常运行，到最后用cppp.x 运行h2o_mol.cppp-dens.in就出错了，好奇怪。。。
这是h2o_mol.cp-dens.in的内容：
&CONTROL
  title = ' Water Molecule ',
  calculation = 'cp',
  restart_mode = 'restart',
  ndr = 51,
  ndw = 51,
  nstep  = 50,
  iprint = 10,
  isave  = 100,
  tstress = .FALSE.,
  tprnfor = .TRUE.,
  dt    = 4.0d0,
  etot_conv_thr = 1.d-9,
  ekin_conv_thr = 1.d-4,
  prefix = 'h2o_mol'
  disk_io='high' ! to get the charge density
  pseudo_dir='./',
  outdir='./tmp/'
/

&SYSTEM
  ibrav = 14,
  celldm(1) = 10.0,
  celldm(2) = 1.0,
  celldm(3) = 1.0,
  celldm(4) = 0.0,
  celldm(5) = 0.0,
  celldm(6) = 0.0,
  nat  = 3,
  ntyp = 2,
  ecutwfc = 70.0,
/

&ELECTRONS
  emass = 300.d0,
  emass_cutoff = 2.5d0,
  orthogonalization = 'ortho',
  electron_dynamics = 'damp',
/

&IONS
  ion_dynamics = 'none',
  ion_temperature = 'not_controlled',
  tranp(1) = .FALSE.
  tranp(2) = .TRUE.
  amprp(2) = 0.1
/


ATOMIC_SPECIES
O 16.0d0 O.BLYP.UPF
H 1.00d0 H.fpmd.UPF

ATOMIC_POSITIONS (bohr)
   O     5.0099    5.0099    5.0000  0 0 0
   H     6.8325    4.7757    4.9999  1 1 1
   H     4.7757    6.8325    4.9998  1 1 1
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9楼2012-11-29 14:10:49
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
网上关于cppp.x 的例子很难找到，这是我在网上找到的唯一一个示范的例子，还是出问题了。。。
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10楼2012-11-29 16:52:43
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