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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 怎么分析分子动力学模块cp.x的运算结果？
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-28 16:07:21
建议你先看一些有关cpmd或cp.x的网上教程。

我在网上搜索了一下，有人出现类似的问题，网上说是cppp.x代码本身有错误，CALL iotk_scan_begin( dunit, "IONS", FOUND = found ) 这一行在CPV/fpmdpp.f90里出现了两次，属于重复，删除一行后，重新编译就可以了。可我重新编译后，再用cppp.x计算，又出现新的问题：
cppp.x h2o_mol.cppp-dens.out
[jerry:21354] *** An error occurred in MPI_Bcast
[jerry:21354] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[jerry:21354] *** MPI_ERR_ROOT: invalid root
[jerry:21354] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (your MPI job will now abort)
这是什么问题？怎么解决？
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11楼2012-11-29 17:16:23
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
huazhorg: 金币+3, ★有帮助 2012-11-30 16:26:30
正如所看到的信息一样，你应该指出你所用的cp或quantum espresso版本。
最新版本的cpv，不需要去修改它。

在你的输入文件中试试增加 “saverho = .TRUE." 再看。
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12楼2012-11-30 08:37:47
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-30 08:37:47
正如所看到的信息一样，你应该指出你所用的cp或quantum espresso版本。
最新版本的cpv，不需要去修改它。

在你的输入文件中试试增加 “saverho = .TRUE." 再看。

谢谢侯老师！saverho = .TRUE.也不起作用，后来把老版本（4.2.1）全部删除，重新安装最新版5.0.2后，才没有问题，cppp.x可以运行了。运行后会产生一个xsf文件，这个文件可以用xcrysden查看结构，但这个文件并不是一个动画，而是一个静态结构，我现在想知道，这个结构是优化后的结构呢，还是中间某一步的结构呢？要想查看动力学优化中的结构变化过程，该怎么算呢？
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13楼2012-11-30 16:26:12
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
谁能提供一套完整的MD优化、并能可视化过程的输入文件，将不胜感激！
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14楼2012-11-30 17:24:10
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huxiao.gl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
huazhorg: 金币+5, ★★★很有帮助, 回答很干脆，谢谢！ 2013-01-26 08:40:32
在cppp的input里将ldynamics设为TURE就可以看动态结构了，得到的是能用xcrysden直接打开的axsf文件。
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good luck
15楼2013-01-26 05:27:43
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长风_破浪

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

我新手，请问在pwgui图形界面中有pw.x,但没有cp.x，为什么呢？
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16楼2013-06-07 19:36:34
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vallen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

还是用cpmd来做吧
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17楼2013-07-02 00:32:45
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长风_破浪

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by vallen at 2013-07-02 00:32:45
还是用cpmd来做吧

意思是CP 做分子动力学不好？用CPMD软件？为什么？请教
还有今天算一个例子，它的时间步长dt 与 ortho有什么关系？当dt=5,ortho=25是可以算，但我想让dt大一点dt=10时，提示ortho错误。改ortho=30还是不对。
请高手指点
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18楼2013-07-05 16:13:50
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凯旋1029

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-29 12:52:09
很显然。你的cppp.x输入文件中某个变量的值设置有误。特别是：outdir ，它的值需与cp.x的输入文件里的值一样，这样cppp.x才能正确读入cp.x所产生的一些输出文件。

你好，我能问您一个问题么，我在运行（cp）过程中出现了一下的错误：
     Error in routine  ortho (1):
      ortho went bananas
我的输入文件为：
&CONTROL                                                                       
  calculation = 'cp'
                                               
  dt =   2.0                                          
  iprint = 10                                                
  isave = 100                                               
  ndr = 52                                                   
  ndw = 53                                             
  nstep = 10000                                          
  outdir = './out/'                                            
  prefix = 'ABX3wfopt'                                               
  restart_mode = 'restart'                                      
  verbosity = 'high'                                         
  wf_collect = .false.
  ekin_conv_thr=1.e-5,
  etot_conv_thr=1.e-7,
  forc_conv_thr=1.e-5,
  pseudo_dir='./'                                               
/                                                            
&SYSTEM                                                        
  ecutrho =   120.0                                    
  ecutwfc =   30.0                           
  ibrav = 7         
  celldm(1)=33.1948  
  celldm(3)=1.4459                                                      
  nat = 96                                                  
  ntyp = 5                                                         
  nr1b = 24                                                   
  nr2b = 24                                                     
  nr3b = 24                                                     
  /
                                                               
&ELECTRONS                                                   
  electron_damping =   0.1                           
  electron_dynamics = 'damp'                                 
  emass =   400                                       
  emass_cutoff =   3.0                              
  electron_temperature = 'not_controlled'
/
                                                                  
&IONS                                                         
  ion_dynamics = 'damp'                                       
  ion_damping=0.02                                            
  ion_temperature='not_controlled'                                    
/
                                                                  
ATOMIC_SPECIES                                       
Pb 207.2 Pb.pbe-dn-rrkjus_psl.0.2.2.UPF              
I 126.9 I.pbe-n-rrkjus_psl.0.2.UPF                  
C 12.0 C.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF                    
N 14.0 N.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF                           
H 1.0 H.pbe-rrkjus_psl.0.1.UPF                                                                           
ATOMIC_POSITIONS angstrom                          
Pb       4.2403    4.7040    6.2142              
Pb      13.0233    4.7040    6.2142              
Pb       4.2403   13.4870    6.2142              
Pb      13.0233   13.4870    6.2142              
Pb       4.2403    4.7040   18.9132              
Pb      13.0233    4.7040   18.9132              
Pb       4.2403   13.4870   18.9132
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19楼2016-11-02 09:11:26
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Master陈超

新虫 (小有名气)
同学，你也用QE中CPMD做模拟吗？
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20楼2018-12-24 16:23:43
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