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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)

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[求助] 怎么分析分子动力学模块cp.x的运算结果？

如题。espresso 里example 18 以及随后的几个例子就是运用cp.x进行动力学计算。比如18里，对sio2的计算输入文件sio2.cp.start.in：
&control
calculation='cp',
restart_mode='from_scratch',
nstep=20, iprint=20, isave=20,
dt=5.0,
ndr=90, ndw=91,
pseudo_dir='/home/huazhong/espresso/pseudo/',
outdir='/home/huazhong/tmp/',
/
&system
ibrav=8, celldm(1)=9.28990, celldm(2)=1.73206, celldm(3)=1.09955,
nat=18, ntyp=2, nbnd=48, nspin=1,
ecutwfc=20.0, ecutrho=150.0,
nr1b=16, nr2b=16, nr3b=16,
qcutz=150., q2sigma=2.0, ecfixed=16.0,
/
&electrons
electron_dynamics='damp', electron_damping=0.2,
startingwfc='random', ampre=0.01,
emass=700., emass_cutoff=3.,
/
&ions
ion_dynamics='none',
ion_radius(1)=1.0, ion_radius(2)=1.0,
/
ATOMIC_SPECIES
O  16.00 O.pz-rrkjus.UPF
  Si  28.00 Si.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS
O  3.18829368  14.83237039 1.22882961
O  7.83231469 6.78704039 1.22882961
O  2.07443467 5.99537992 4.73758250
O  6.72031366  14.04231898 4.73758250
O  3.96307134  11.26989826 7.87860582
O  8.60802134 3.22295920 7.87860582
O  3.96307134 4.81915267 9.14625133
O  8.60802134  12.86448267 9.14625133
O  3.18736469 1.25668055 5.58029607
O  7.83324368 9.30201055 5.58029607
O  2.07536366  10.09206195 2.07358613
O  6.71938467 2.04673195 2.07358613
Si  0.28891589 8.04533000 3.40456284
Si  4.93386589 0.00000000 3.40456284
Si  2.13389003  12.27717358  -0.04188031
Si  6.77884003 4.23184358  -0.04188031
Si  2.13389003 3.81348642 6.85202747
Si  6.77884003  11.85881642 6.8520274

这个输入文件可以用xcrysden查看结构。其对应的输出文件为sio2.cp.start.out，可是这个输出文件用xcrysden不能查看结构，运行完后几何结构变成什么样了，也不知道。那么怎么分析这个输出文件？请各位仁兄、大侠前来指点。(输出文件sio2.cp.start.out见附件)[ Last edited by huazhorg on 2012-11-27 at 22:06 ]

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附件 1 : sio2.cp.start.out

2012-11-27 22:06:16, 15.82 K

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1楼2012-11-27 22:00:00

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凯旋1029

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7楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-29 12:52:09
很显然。你的cppp.x输入文件中某个变量的值设置有误。特别是：outdir ，它的值需与cp.x的输入文件里的值一样，这样cppp.x才能正确读入cp.x所产生的一些输出文件。

你好，我能问您一个问题么，我在运行（cp）过程中出现了一下的错误：
   Error in routine  ortho (1):
   ortho went bananas
我的输入文件为：
&CONTROL
  calculation = 'cp'

  dt = 2.0
  iprint = 10
  isave = 100
  ndr = 52
  ndw = 53
  nstep = 10000
  outdir = './out/'
  prefix = 'ABX3wfopt'
  restart_mode = 'restart'
  verbosity = 'high'
  wf_collect = .false.
  ekin_conv_thr=1.e-5,
  etot_conv_thr=1.e-7,
  forc_conv_thr=1.e-5,
  pseudo_dir='./'
/
&SYSTEM
  ecutrho = 120.0
  ecutwfc = 30.0
  ibrav = 7
  celldm(1)=33.1948
  celldm(3)=1.4459
  nat = 96
  ntyp = 5
  nr1b = 24
  nr2b = 24
  nr3b = 24
  /

&ELECTRONS
  electron_damping = 0.1
  electron_dynamics = 'damp'
  emass = 400
  emass_cutoff = 3.0
  electron_temperature = 'not_controlled'
/

&IONS
  ion_dynamics = 'damp'
  ion_damping=0.02
  ion_temperature='not_controlled'
/

ATOMIC_SPECIES
Pb 207.2 Pb.pbe-dn-rrkjus_psl.0.2.2.UPF
I 126.9 I.pbe-n-rrkjus_psl.0.2.UPF
C 12.0 C.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF
N 14.0 N.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF
H 1.0 H.pbe-rrkjus_psl.0.1.UPF
ATOMIC_POSITIONS angstrom
Pb    4.2403 4.7040 6.2142
Pb    13.0233 4.7040 6.2142
Pb    4.2403 13.4870 6.2142
Pb    13.0233 13.4870 6.2142
Pb    4.2403 4.7040 18.9132
Pb    13.0233 4.7040 18.9132
Pb    4.2403 13.4870 18.9132

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19楼2016-11-02 09:11:26

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valenhou001

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huazhorg: 金币+2, ★有帮助, 谢谢指点 2012-11-28 16:38:08
huazhorg: 回帖置顶 2012-11-29 17:13:58

建议你先看一些有关cpmd或cp.x的网上教程。

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2楼2012-11-28 16:07:21

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2楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-28 16:07:21
建议你先看一些有关cpmd或cp.x的网上教程。

谢谢侯老师，很高兴得到您的指点。看了一些教程，似乎略有点明白。它的优化坐标不是放在out文件里，而是放在outdir里一个‘prefix’.pos文件里吧，比如我算了一个水分子的优化，它的坐标是不是这个文件：
150  0.01456168
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.675162E+01  0.468700E+01  0.509543E+01
  0.481703E+01  0.681514E+01  0.494747E+01
160  0.01577113
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.653486E+01  0.438670E+01  0.541771E+01
  0.495464E+01  0.677315E+01  0.477299E+01
170  0.01698057
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.650987E+01  0.424898E+01  0.556919E+01
  0.502422E+01  0.677687E+01  0.469369E+01
180  0.01819001
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.652258E+01  0.419161E+01  0.564499E+01
  0.507221E+01  0.679087E+01  0.465831E+01
190  0.01939945
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.653114E+01  0.418351E+01  0.567759E+01
  0.511155E+01  0.680055E+01  0.464628E+01
200  0.02060889
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.653185E+01  0.420141E+01  0.568724E+01
  0.514636E+01  0.680329E+01  0.464624E+01
210  0.02181834
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.653089E+01  0.422882E+01  0.568727E+01
  0.517752E+01  0.680156E+01  0.465167E+01
220  0.02302778
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.653328E+01  0.425626E+01  0.568513E+01
  0.520506E+01  0.679849E+01  0.465888E+01
230  0.02423722
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.654017E+01  0.427980E+01  0.568387E+01
  0.522899E+01  0.679605E+01  0.466601E+01
240  0.02544666
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.654995E+01  0.429893E+01  0.568389E+01
  0.524946E+01  0.679487E+01  0.467228E+01
250  0.02665611
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.656023E+01  0.431446E+01  0.568456E+01
  0.526672E+01  0.679468E+01  0.467751E+01
260  0.02786555
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.656927E+01  0.432735E+01  0.568528E+01
  0.528110E+01  0.679498E+01  0.468180E+01
270  0.02907499
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.657642E+01  0.433824E+01  0.568574E+01
  0.529294E+01  0.679531E+01  0.468528E+01
280  0.03028443
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.658176E+01  0.434747E+01  0.568594E+01
  0.530259E+01  0.679548E+01  0.468808E+01
290  0.03149387
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.658574E+01  0.435520E+01  0.568601E+01
  0.531038E+01  0.679547E+01  0.469031E+01
300  0.03270332
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.658877E+01  0.436158E+01  0.568607E+01
  0.531662E+01  0.679534E+01  0.469205E+01
310  0.03391276
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.659119E+01  0.436678E+01  0.568619E+01
  0.532158E+01  0.679517E+01  0.469337E+01
320  0.03512220
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.659315E+01  0.437096E+01  0.568638E+01
  0.532550E+01  0.679501E+01  0.469434E+01
330  0.03633164
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.659475E+01  0.437434E+01  0.568664E+01
  0.532858E+01  0.679489E+01  0.469502E+01
340  0.03754108
  0.500990E+01  0.500990E+01  0.500000E+01
  0.659604E+01  0.437706E+01  0.568694E+01
  0.533098E+01  0.679480E+01  0.469545E+01

这个坐标是不是它的优化过程？另外怎么可视化这个过程呢，是不是要写个脚本把它转化成xyz的格式，然后再用xmakemol等这样的小工具来看优化过程？感觉这样好麻烦呢。。

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3楼2012-11-28 17:04:42

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
huazhorg: 金币+3, ★有帮助, 谢谢！ 2012-11-29 11:27:58
liliangfang: 金币+2, 应助指数+1, 专家考核, 谢谢交流 2012-12-01 20:21:36

该程序提供了一个cppp.x的模块，可进行数据处理。有关cppp.x模块的使用，请看CPV/Doc里的手册。

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4楼2012-11-29 08:20:11

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