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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)

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[求助] 怎么分析分子动力学模块cp.x的运算结果？

如题。espresso 里example 18 以及随后的几个例子就是运用cp.x进行动力学计算。比如18里，对sio2的计算输入文件sio2.cp.start.in：
&control
calculation='cp',
restart_mode='from_scratch',
nstep=20, iprint=20, isave=20,
dt=5.0,
ndr=90, ndw=91,
pseudo_dir='/home/huazhong/espresso/pseudo/',
outdir='/home/huazhong/tmp/',
/
&system
ibrav=8, celldm(1)=9.28990, celldm(2)=1.73206, celldm(3)=1.09955,
nat=18, ntyp=2, nbnd=48, nspin=1,
ecutwfc=20.0, ecutrho=150.0,
nr1b=16, nr2b=16, nr3b=16,
qcutz=150., q2sigma=2.0, ecfixed=16.0,
/
&electrons
electron_dynamics='damp', electron_damping=0.2,
startingwfc='random', ampre=0.01,
emass=700., emass_cutoff=3.,
/
&ions
ion_dynamics='none',
ion_radius(1)=1.0, ion_radius(2)=1.0,
/
ATOMIC_SPECIES
O  16.00 O.pz-rrkjus.UPF
  Si  28.00 Si.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS
O  3.18829368  14.83237039 1.22882961
O  7.83231469 6.78704039 1.22882961
O  2.07443467 5.99537992 4.73758250
O  6.72031366  14.04231898 4.73758250
O  3.96307134  11.26989826 7.87860582
O  8.60802134 3.22295920 7.87860582
O  3.96307134 4.81915267 9.14625133
O  8.60802134  12.86448267 9.14625133
O  3.18736469 1.25668055 5.58029607
O  7.83324368 9.30201055 5.58029607
O  2.07536366  10.09206195 2.07358613
O  6.71938467 2.04673195 2.07358613
Si  0.28891589 8.04533000 3.40456284
Si  4.93386589 0.00000000 3.40456284
Si  2.13389003  12.27717358  -0.04188031
Si  6.77884003 4.23184358  -0.04188031
Si  2.13389003 3.81348642 6.85202747
Si  6.77884003  11.85881642 6.8520274

这个输入文件可以用xcrysden查看结构。其对应的输出文件为sio2.cp.start.out，可是这个输出文件用xcrysden不能查看结构，运行完后几何结构变成什么样了，也不知道。那么怎么分析这个输出文件？请各位仁兄、大侠前来指点。(输出文件sio2.cp.start.out见附件)[ Last edited by huazhorg on 2012-11-27 at 22:06 ]

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附件 1 : sio2.cp.start.out

2012-11-27 22:06:16, 15.82 K

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1楼 2012-11-27 22:00:00

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凯旋1029

铁虫 (初入文坛)

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引用回帖:

7楼: Originally posted by valenhou001 at 2012-11-29 12:52:09
很显然。你的cppp.x输入文件中某个变量的值设置有误。特别是：outdir ，它的值需与cp.x的输入文件里的值一样，这样cppp.x才能正确读入cp.x所产生的一些输出文件。

你好，我能问您一个问题么，我在运行（cp）过程中出现了一下的错误：
   Error in routine  ortho (1):
   ortho went bananas
我的输入文件为：
&CONTROL
  calculation = 'cp'

  dt = 2.0
  iprint = 10
  isave = 100
  ndr = 52
  ndw = 53
  nstep = 10000
  outdir = './out/'
  prefix = 'ABX3wfopt'
  restart_mode = 'restart'
  verbosity = 'high'
  wf_collect = .false.
  ekin_conv_thr=1.e-5,
  etot_conv_thr=1.e-7,
  forc_conv_thr=1.e-5,
  pseudo_dir='./'
/
&SYSTEM
  ecutrho = 120.0
  ecutwfc = 30.0
  ibrav = 7
  celldm(1)=33.1948
  celldm(3)=1.4459
  nat = 96
  ntyp = 5
  nr1b = 24
  nr2b = 24
  nr3b = 24
  /

&ELECTRONS
  electron_damping = 0.1
  electron_dynamics = 'damp'
  emass = 400
  emass_cutoff = 3.0
  electron_temperature = 'not_controlled'
/

&IONS
  ion_dynamics = 'damp'
  ion_damping=0.02
  ion_temperature='not_controlled'
/

ATOMIC_SPECIES
Pb 207.2 Pb.pbe-dn-rrkjus_psl.0.2.2.UPF
I 126.9 I.pbe-n-rrkjus_psl.0.2.UPF
C 12.0 C.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF
N 14.0 N.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF
H 1.0 H.pbe-rrkjus_psl.0.1.UPF
ATOMIC_POSITIONS angstrom
Pb    4.2403 4.7040 6.2142
Pb    13.0233 4.7040 6.2142
Pb    4.2403 13.4870 6.2142
Pb    13.0233 13.4870 6.2142
Pb    4.2403 4.7040 18.9132
Pb    13.0233 4.7040 18.9132
Pb    4.2403 13.4870 18.9132

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19楼2016-11-02 09:11:26

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