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huazhorg铁杆木虫 (正式写手)
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怎么分析分子动力学模块cp.x的运算结果？
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如题。espresso 里example 18 以及随后的几个例子就是运用cp.x进行动力学计算。比如18里，对sio2的计算输入文件sio2.cp.start.in： &control calculation='cp', restart_mode='from_scratch', nstep=20, iprint=20, isave=20, dt=5.0, ndr=90, ndw=91, pseudo_dir='/home/huazhong/espresso/pseudo/', outdir='/home/huazhong/tmp/', / &system ibrav=8, celldm(1)=9.28990, celldm(2)=1.73206, celldm(3)=1.09955, nat=18, ntyp=2, nbnd=48, nspin=1, ecutwfc=20.0, ecutrho=150.0, nr1b=16, nr2b=16, nr3b=16, qcutz=150., q2sigma=2.0, ecfixed=16.0, / &electrons electron_dynamics='damp', electron_damping=0.2, startingwfc='random', ampre=0.01, emass=700., emass_cutoff=3., / &ions ion_dynamics='none', ion_radius(1)=1.0, ion_radius(2)=1.0, / ATOMIC_SPECIES O 16.00 O.pz-rrkjus.UPF Si 28.00 Si.pz-vbc.UPF ATOMIC_POSITIONS O 3.18829368 14.83237039 1.22882961 O 7.83231469 6.78704039 1.22882961 O 2.07443467 5.99537992 4.73758250 O 6.72031366 14.04231898 4.73758250 O 3.96307134 11.26989826 7.87860582 O 8.60802134 3.22295920 7.87860582 O 3.96307134 4.81915267 9.14625133 O 8.60802134 12.86448267 9.14625133 O 3.18736469 1.25668055 5.58029607 O 7.83324368 9.30201055 5.58029607 O 2.07536366 10.09206195 2.07358613 O 6.71938467 2.04673195 2.07358613 Si 0.28891589 8.04533000 3.40456284 Si 4.93386589 0.00000000 3.40456284 Si 2.13389003 12.27717358 -0.04188031 Si 6.77884003 4.23184358 -0.04188031 Si 2.13389003 3.81348642 6.85202747 Si 6.77884003 11.85881642 6.8520274 这个输入文件可以用xcrysden查看结构。其对应的输出文件为sio2.cp.start.out，可是这个输出文件用xcrysden不能查看结构，运行完后几何结构变成什么样了，也不知道。那么怎么分析这个输出文件？请各位仁兄、大侠前来指点。(输出文件sio2.cp.start.out见附件)[ Last edited by huazhorg on 2012-11-27 at 22:06 ] |
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2012-11-27 22:06:16, 15.82 K
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2楼2012-11-28 16:07:21
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