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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)

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专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

[求助] 怎么分析分子动力学模块cp.x的运算结果？

如题。espresso 里example 18 以及随后的几个例子就是运用cp.x进行动力学计算。比如18里，对sio2的计算输入文件sio2.cp.start.in：
&control
calculation='cp',
restart_mode='from_scratch',
nstep=20, iprint=20, isave=20,
dt=5.0,
ndr=90, ndw=91,
pseudo_dir='/home/huazhong/espresso/pseudo/',
outdir='/home/huazhong/tmp/',
/
&system
ibrav=8, celldm(1)=9.28990, celldm(2)=1.73206, celldm(3)=1.09955,
nat=18, ntyp=2, nbnd=48, nspin=1,
ecutwfc=20.0, ecutrho=150.0,
nr1b=16, nr2b=16, nr3b=16,
qcutz=150., q2sigma=2.0, ecfixed=16.0,
/
&electrons
electron_dynamics='damp', electron_damping=0.2,
startingwfc='random', ampre=0.01,
emass=700., emass_cutoff=3.,
/
&ions
ion_dynamics='none',
ion_radius(1)=1.0, ion_radius(2)=1.0,
/
ATOMIC_SPECIES
O  16.00 O.pz-rrkjus.UPF
  Si  28.00 Si.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS
O  3.18829368  14.83237039 1.22882961
O  7.83231469 6.78704039 1.22882961
O  2.07443467 5.99537992 4.73758250
O  6.72031366  14.04231898 4.73758250
O  3.96307134  11.26989826 7.87860582
O  8.60802134 3.22295920 7.87860582
O  3.96307134 4.81915267 9.14625133
O  8.60802134  12.86448267 9.14625133
O  3.18736469 1.25668055 5.58029607
O  7.83324368 9.30201055 5.58029607
O  2.07536366  10.09206195 2.07358613
O  6.71938467 2.04673195 2.07358613
Si  0.28891589 8.04533000 3.40456284
Si  4.93386589 0.00000000 3.40456284
Si  2.13389003  12.27717358  -0.04188031
Si  6.77884003 4.23184358  -0.04188031
Si  2.13389003 3.81348642 6.85202747
Si  6.77884003  11.85881642 6.8520274

这个输入文件可以用xcrysden查看结构。其对应的输出文件为sio2.cp.start.out，可是这个输出文件用xcrysden不能查看结构，运行完后几何结构变成什么样了，也不知道。那么怎么分析这个输出文件？请各位仁兄、大侠前来指点。(输出文件sio2.cp.start.out见附件)[ Last edited by huazhorg on 2012-11-27 at 22:06 ]

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