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O天琊O

银虫 (小有名气)

[求助] 有关茎环结构DNA的问题

对于茎环结构的DNA，其Tm值是不是只针对 茎结构的序列而言的？解链温度也只是针对这一部分的而言的温度么？换句话说，是不是茎环的茎区，和与该茎区序列一样的短dsDNA的Tm是相同的？
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没有什么不可以
1楼 2013-06-03 19:53:37
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回帖置顶 ( 共有1个 )

shixiaba

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

amisking: 回帖置顶 2013-06-03 20:39:43
引用回帖:
3楼: Originally posted by O天琊O at 2013-06-03 20:10:41
因为要 用到呀。。。倘若茎环结构DNA和其互补链完全杂交，那么该双链的Tm应该比那段该和茎区序列一样的短dsDNA的高吧？...

理论上应该是，不过我在文献中见过类似的设计，如果楼主不是非要自己重新设计的话不妨参考文献中的成熟序列啊。
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4楼2013-06-03 20:22:26
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ssyyll1019

铜虫 (小有名气)
Tm值 肯定是不一样的，颈环结构的DNA 也可以称作分子信标，这个由于颈部互补形成的发夹结构DNA 的Tm 值有两个因素确定，一个是碱基互补产生的，另一个是由于存在环结构产生对空间结构所产生的张力；对于这种发夹结构的DNA Tm值 预测是不能通过常用个的Tm值计算方法的，给你推荐一个预测这样的DNATm 值得网站，http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/DNA-Folding-Form
信标中与靶DNA互补的序列的Tm值，一般是要高于互补的茎区的Tm值，
在存在靶DNA的情况下，二者的构想是可以转换的。
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O天琊O
10楼2013-06-04 10:25:43
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普通回帖

shixiaba

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
个人感觉应该是吧。楼主为什么要纠结这个问题呢？
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2楼2013-06-03 19:55:41
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O天琊O

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shixiaba at 2013-06-03 19:55:41
个人感觉应该是吧。楼主为什么要纠结这个问题呢？

因为要 用到呀。。。倘若茎环结构DNA和其互补链完全杂交，那么该双链的Tm应该比那段该和茎区序列一样的短dsDNA的高吧？
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没有什么不可以
3楼2013-06-03 20:10:41
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O天琊O

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by shixiaba at 2013-06-03 20:22:26
理论上应该是，不过我在文献中见过类似的设计，如果楼主不是非要自己重新设计的话不妨参考文献中的成熟序列啊。...

额。。。。亲，我现在是要考虑温度对茎环结构稳定性的影响，现在链已经到手了呀，只是想选择一个合适的温度呀
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没有什么不可以
5楼2013-06-03 20:41:00
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shixiaba

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-03 23:14:55
O天琊O: 金币+3 2013-06-04 09:03:19
引用回帖:
5楼: Originally posted by O天琊O at 2013-06-03 20:41:00
额。。。。亲，我现在是要考虑温度对茎环结构稳定性的影响，现在链已经到手了呀，只是想选择一个合适的温度呀...

可能是咱们的领域不是特别一样吧……我们做的只要设计合理单链是可以直接打开颈环结构然后与其杂交的，就是在室温反应。我估计楼主做的不是室温，所以涉及到了这个问题。
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6楼2013-06-03 21:04:59
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O天琊O

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by shixiaba at 2013-06-03 21:04:59
可能是咱们的领域不是特别一样吧……我们做的只要设计合理单链是可以直接打开颈环结构然后与其杂交的，就是在室温反应。我估计楼主做的不是室温，所以涉及到了这个问题。...

那你做的首先得先保证你的茎环在那个温度下可以稳定存在呀，其实茎环和单链是处于一个动态平衡的过程的。。。。
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没有什么不可以
7楼2013-06-04 08:40:14
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shixiaba

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by O天琊O at 2013-06-04 08:40:14
那你做的首先得先保证你的茎环在那个温度下可以稳定存在呀，其实茎环和单链是处于一个动态平衡的过程的。。。。...

我做的是室温反应，挺稳定的……
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8楼2013-06-04 08:42:30
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shixiaba

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by O天琊O at 2013-06-04 08:40:14
那你做的首先得先保证你的茎环在那个温度下可以稳定存在呀，其实茎环和单链是处于一个动态平衡的过程的。。。。...

楼主查阅一下文献吧，自己算并且进行测试的话很麻烦的。
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9楼2013-06-04 09:14:21
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