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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » DGGE中，提取土壤DNA后做V3扩增，出现两条带
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cjlovesen

铜虫 (小有名气)

[求助] DGGE中，提取土壤DNA后做V3扩增，出现两条带

大家好，我做的DGGE，提取土壤DNA后做V3扩增，出现两条带，pcr扩增用的是降落pcr，30个循环，不知道什么情况，请大家帮帮忙！
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做就做最好的
1楼 2013-05-19 21:47:40
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Send person rose fragrance in hand, thank you loosen one\'s purse strings generously, look forward to your wonderful 2013-06-06 10:58:38
图上来看看。
你的土壤样本里是否含有植物的根须等？
如果有，可能就是扩增的植物DNA中的同源序列了。
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cjlovesen
2楼2013-05-20 09:09:41
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cjlovesen

铜虫 (小有名气)
那取样回来之后，怎么去除这些根茎叶，因为这些都太小了，而且是湿的土样，也没法过筛，请教
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做就做最好的
3楼2013-05-25 14:07:31
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cjlovesen

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by xiadongliang at 2013-05-20 09:09:41
图上来看看。
你的土壤样本里是否含有植物的根须等？
如果有，可能就是扩增的植物DNA中的同源序列了。

那取样回来之后，怎么去除这些根茎叶，因为这些都太小了，而且是湿的土样，也没法过筛，请教，还有就是这些DNa对研究土壤区系DGGE有影响吗？
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做就做最好的
4楼2013-05-25 14:12:10
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
myprayer: 金币+1, Send person rose fragrance in hand, thank you loosen one\'s purse strings generously, look forward to your wonderful 2013-06-06 10:58:49
一种方法是晾干后过筛子。
另一种方法是切胶回收细菌条带，然后再做DGGE。
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5楼2013-05-27 14:20:19
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cjlovesen

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiadongliang at 2013-05-27 14:20:19
一种方法是晾干后过筛子。
另一种方法是切胶回收细菌条带，然后再做DGGE。

提取土壤DNA不能晾干吧？微生物会失去好多把，我现在用梯度降温pCR做出来了，是一条带！谢谢您
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做就做最好的
6楼2013-05-29 22:06:03
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waldenpond

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cjlovesen at 2013-05-29 22:06:03
提取土壤DNA不能晾干吧？微生物会失去好多把，我现在用梯度降温pCR做出来了，是一条带！谢谢您...

请问楼主，梯度降温PCR是什么啊？不是你开始提的touchdown pcr么？
我最近用一种细菌DNA 16S V3引物PCR-DGGE，也做出两条带，不像是污染，但是没法解释，楼主怎么解决的这个问题啊？
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7楼2013-06-03 14:54:01
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cjlovesen

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by waldenpond at 2013-06-03 14:54:01
请问楼主，梯度降温PCR是什么啊？不是你开始提的touchdown pcr么？
我最近用一种细菌DNA 16S V3引物PCR-DGGE，也做出两条带，不像是污染，但是没法解释，楼主怎么解决的这个问题啊？...

推荐你看一篇罗海峰,齐鸿雁,张洪勋.乙草胺对农田土壤细菌多样性的影
响[J].微生物学报, 2004, 44(4): 519-522. (LuoH F, QiH
Y, ZhangH X.The impactofacetochlor the bacterialdiversity in
soil[J].ActaMicrobiologica Sinica, 2004, 44(4): 519-522.
我用他的方法出现了一条带
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做就做最好的
8楼2013-06-05 19:49:34
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waldenpond

金虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by cjlovesen at 2013-06-05 19:49:34
推荐你看一篇罗海峰,齐鸿雁,张洪勋.乙草胺对农田土壤细菌多样性的影
响.微生物学报, 2004, 44(4): 519-522. (LuoH F, QiH
Y, ZhangH X.The impactofacetochlor the bacterialdiversity in
soil.ActaMicrobiolog ...

好的，我看一下。多谢！
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9楼2013-06-06 10:48:16
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