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zhgio

铜虫 (小有名气)


[交流] DGGE V3区扩增发现新问题,共同交流哈

请问各位,做DGGE,V3扩增时出现红圈所示的条带是怎么回事?用的是巢式PCR

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zqp9110

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
圈内出现的条带貌似是胶的问题,配胶用的缓冲液pH不对。另外,靠近V3条带附近也有非特异,建议降低模板量重P。
2楼2012-12-30 23:31:40
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zhgio

铜虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by zqp9110 at 2012-12-30 23:31:40
圈内出现的条带貌似是胶的问题,配胶用的缓冲液pH不对。另外,靠近V3条带附近也有非特异,建议降低模板量重P。

谢谢回复,不过想问如何看出是缓冲液pH不对,可否稍详细的解释下吗,谢谢了!
3楼2012-12-30 23:40:34
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zhgio

铜虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by zqp9110 at 2012-12-30 23:31:40
圈内出现的条带貌似是胶的问题,配胶用的缓冲液pH不对。另外,靠近V3条带附近也有非特异,建议降低模板量重P。

忘了说了,靠近Maker的两条带是我改了条件做的,原来延伸时间是文献3min(即左边三条带),我改成了30s做的(右边两条),貌似没了红圈对应位置的那条非目的条带,但却拖带及亮度稍差的
4楼2012-12-30 23:46:42
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zqp9110

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhgio at 2012-12-30 23:40:34
谢谢回复,不过想问如何看出是缓冲液pH不对,可否稍详细的解释下吗,谢谢了!...

呵呵,因为我也遇到过这种情况,后来自己重新配制50×TAE就好了。
5楼2012-12-31 12:00:40
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zqp9110

金虫 (正式写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zhgio: 金币+2 2013-01-03 14:49:37
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhgio at 2012-12-30 23:46:42
忘了说了,靠近Maker的两条带是我改了条件做的,原来延伸时间是文献3min(即左边三条带),我改成了30s做的(右边两条),貌似没了红圈对应位置的那条非目的条带,但却拖带及亮度稍差的...

哪里的文献会用3min来扩V3?这太长了。我们扩V3都是用touchdown程序,特异性会比较高,循环的三步都是用的1min。
6楼2012-12-31 12:02:59
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