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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » DGGE V3区扩增发现新问题，共同交流哈
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zhgio

铜虫 (小有名气)

[交流] DGGE V3区扩增发现新问题，共同交流哈

请问各位，做DGGE,V3扩增时出现红圈所示的条带是怎么回事？用的是巢式PCR

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1楼 2012-12-29 20:06:24
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zqp9110

金虫 (正式写手)
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圈内出现的条带貌似是胶的问题，配胶用的缓冲液pH不对。另外，靠近V3条带附近也有非特异，建议降低模板量重P。
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2楼2012-12-30 23:31:40
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zhgio

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zqp9110 at 2012-12-30 23:31:40
圈内出现的条带貌似是胶的问题，配胶用的缓冲液pH不对。另外，靠近V3条带附近也有非特异，建议降低模板量重P。

谢谢回复，不过想问如何看出是缓冲液pH不对，可否稍详细的解释下吗，谢谢了！
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3楼2012-12-30 23:40:34
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zhgio

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zqp9110 at 2012-12-30 23:31:40
圈内出现的条带貌似是胶的问题，配胶用的缓冲液pH不对。另外，靠近V3条带附近也有非特异，建议降低模板量重P。

忘了说了，靠近Maker的两条带是我改了条件做的，原来延伸时间是文献3min（即左边三条带），我改成了30s做的（右边两条），貌似没了红圈对应位置的那条非目的条带，但却拖带及亮度稍差的
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4楼2012-12-30 23:46:42
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zqp9110

金虫 (正式写手)
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3楼: Originally posted by zhgio at 2012-12-30 23:40:34
谢谢回复，不过想问如何看出是缓冲液pH不对，可否稍详细的解释下吗，谢谢了！...

呵呵，因为我也遇到过这种情况，后来自己重新配制50×TAE就好了。
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5楼2012-12-31 12:00:40
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zqp9110

金虫 (正式写手)
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zhgio: 金币+2 2013-01-03 14:49:37
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4楼: Originally posted by zhgio at 2012-12-30 23:46:42
忘了说了，靠近Maker的两条带是我改了条件做的，原来延伸时间是文献3min（即左边三条带），我改成了30s做的（右边两条），貌似没了红圈对应位置的那条非目的条带，但却拖带及亮度稍差的...

哪里的文献会用3min来扩V3？这太长了。我们扩V3都是用touchdown程序，特异性会比较高，循环的三步都是用的1min。
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6楼2012-12-31 12:02:59
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