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PDB文件拆分
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| 请问一个复合蛋白质（蛋白质结合）PDB文件，怎么拆分成单个蛋白质的PDB文件？直接删除不需要蛋白质的序列跟坐标吗？ |
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xulinan
木虫 (小有名气)
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- 专业: 微生物生理与生物化学
3楼2013-05-15 14:54:20
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
harrymao: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 我用perl程序拆分 原来很简单 2013-05-15 17:28:23
感谢参与，应助指数 +1
harrymao: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 我用perl程序拆分 原来很简单 2013-05-15 17:28:23
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1、直接删除不需要蛋白质的序列跟坐标，可行！ 2、用VMD 命令，你需要知道你要选择的蛋白质，比如说 resid 10-25 则： set sel [atomselect top "resid >=10 and resid <=25"] $sel writepdb protein_ok.pdb 这样就把你选择的蛋白质保存在了 protein_ok.pdb 里。 在vmd中这句 set sel [atomselect top "resid >=10 and resid <=25"] 可以根据你自己的需求，有好多种选择的办法 |
2楼2013-05-15 14:51:57
