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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

[求助] 琼脂糖凝胶电泳出现严重的拖带

最近跑的电泳,胶上会有拖带,空白对照也会有拖带(样品为PCR产物),不知道是哪里出了问题,请教一下高手啊!

2013.05.04.jpg
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凌波丽

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【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liuxiuaza(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-07 00:52:28
下面的内容本来是我回答另一贴的,但是回答的文不对题,对你的帖子到可能是切题的,请参考。

你的PCR结果电泳弥散,可能是非特异性扩增多,即出现非特异性扩增带。也就是:PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。
非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、 或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过低、退火温度过低,及PCR循环次数 过多有关(过多一般是超过25次循环,你只循环5次应该没有问题)。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶 则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。
其对策有:首先可以提高镁离子的浓度, 由1.0mmol/L起以0.05mmol/L为单位逐渐上升,最高不超过10.0mmol/L。提高镁离子的浓度无效的话,调整引物浓度(你的PCR结果电泳拖尾,可能是非特异性扩增多,因此应适当降低引物浓度),适当增加模板量,减少循环次 数。减低酶量或调换另一来源的酶。适当提高退火温度。以上都不行则要重新设计引物。每种调整均可以分梯度进行。
切胶回收一般如果剪切力不大的话,一般不会引起DNA断裂。
另外可能是PCR实验时发生了污染。污染原因:
   (一)标本间交叉污染:标本污染主要有收集标本的容器被污染,或标本放置时,由于密封不严溢于容器外,或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染;标本核酸模板在提取过程中,由于吸样枪污染导致标本间污染;有些微生物标本尤其是病毒可随气溶胶或形成气溶胶而扩散,导致彼此间的污染。
   (二)PCR试剂的污染:主要是由于在PCR试剂配制过程中,由于加样枪、容器、双蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染.
   (三)PCR扩增产物污染:这是PCR反应中最主要最常见的污染问题,因为PCR产物拷贝量 大,远远高于PCR检测数个拷贝的极限,所以极微量的PCR产物污染,就可造成假阳就可形成假阳性。
2楼2013-05-06 16:42:13
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

下面的内容本来是我回答另一贴的,但是回答的文不对题,对你的帖子到可能是切题的,请参考。把错的地方改过来了(与你的问题不对应的半句话去掉了),另外,少做了一些补充。

你的PCR结果电泳弥散,可能是非特异性扩增多,即出现非特异性扩增带。也就是:PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。
非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、 或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度不合适(有些帖子一味的说Mg2+离子浓度过高会引起非特异性扩增,这是问题的一个方面,Mg2+离子浓度过低也同样会引起非特异性扩增)、退火温度过低,及PCR循环次数 过多有关(过多循环一般是超过25次循环)。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶 则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。
其对策有:首先可以提高镁离子的浓度, 由1.0mmol/L起以0.05mmol/L为单位逐渐上升,最高不超过10.0mmol/L。提高镁离子的浓度无效的话,调整引物浓度(你的PCR结果电泳拖尾,可能是非特异性扩增多,因此应适当降低引物浓度),适当增加模板量,减少循环次 数。减低酶量或调换另一来源的酶。适当提高退火温度。以上都不行则要重新设计引物。每种调整均可以分梯度进行。
切胶回收一般如果剪切力不大的话,一般不会引起DNA断裂。
另外可能是PCR实验时发生了污染。污染原因:
   (一)标本间交叉污染:标本污染主要有收集标本的容器被污染,或标本放置时,由于密封不严溢于容器外,或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染;标本核酸模板在提取过程中,由于吸样枪污染导致标本间污染;有些微生物标本尤其是病毒可随气溶胶或形成气溶胶而扩散,导致彼此间的污染。
   (二)PCR试剂的污染:主要是由于在PCR试剂配制过程中,由于加样枪、容器、双蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染.
   (三)PCR扩增产物污染:这是PCR反应中最主要最常见的污染问题,因为PCR产物拷贝量 大,远远高于PCR检测数个拷贝的极限,所以极微量的PCR产物污染,就可造成假阳就可形成假阳性。
3楼2013-05-06 16:45:53
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stevenshi021

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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liuxiuaza(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-07 00:53:03
gyesang: 回帖置顶 2013-05-07 00:53:06
liuxiuaza: 金币+1 2013-05-07 11:29:49
这个笑脸哭脸带我感觉不是PCR的问题而是电泳本身的问题。解决方法:1胶凝结的时间稍微长一点,或者在跑得时候放入冰箱1min(-20)使得胶彻底的凝结;2电泳过程中使用新的缓冲液且电压低一点一般TBE不要超过120V,TAE不要超过100V,避免电脑过程中产生大量的热,如果电泳时间过长建议冰上进行。因为我们实验室常用的都是低熔点琼脂糖,在温度高于40°的情况下其内部结构就会不稳地。最后的那种弥散带我感觉可能是你的dNTP多了!
希望对你有用。
4楼2013-05-06 23:58:40
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by stevenshi021 at 2013-05-06 23:58:40
这个笑脸哭脸带我感觉不是PCR的问题而是电泳本身的问题。解决方法:1胶凝结的时间稍微长一点,或者在跑得时候放入冰箱1min(-20)使得胶彻底的凝结;2电泳过程中使用新的缓冲液且电压低一点一般TBE不要超过120V,TAE不 ...

谢谢您的建议,不过我配胶后大约2小时左右后才用,应该不是胶没有凝好,另外我用其他PCR体系跑的胶没有出现这种拖带,是不是我的PCR体系有问题?可是我之前一直用这个体系,也没有出现问题。跑胶时我一般用180V,可能是电压有点高吧,我适量调低下电压试试。
5楼2013-05-07 11:32:33
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-05-06 16:42:13
下面的内容本来是我回答另一贴的,但是回答的文不对题,对你的帖子到可能是切题的,请参考。

你的PCR结果电泳弥散,可能是非特异性扩增多,即出现非特异性扩增带。也就是:PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致 ...

谢谢您的回复,我又多了解了一点这方面的知识。
6楼2013-05-07 11:33:31
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小郭tongxue

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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liuxiuaza: 金币+2 2013-05-07 16:30:39
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-07 16:44:16
最有可能的就是你的试剂有污染,可以把你用的水换一批,或者灭一下菌
7楼2013-05-07 11:41:37
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 小郭tongxue at 2013-05-07 11:41:37
最有可能的就是你的试剂有污染,可以把你用的水换一批,或者灭一下菌

好的,谢谢您的回复
8楼2013-05-07 16:30:51
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强子kycg

新虫 (小有名气)

是不是时间跑久了啊
9楼2013-05-10 10:28:08
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flyhigh805

金虫 (初入文坛)

出现这种状况可能的原因有:1、胶还没有凝好;2、电泳液太脏
10楼2013-07-30 11:41:18
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