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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于分子模拟中建模的初级问题
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luoyiwei

金虫 (小有名气)

[求助] 关于分子模拟中建模的初级问题

我用materials studio建立聚合物模型的时候，用到了软件提供的分子链数据库，但是需要输入链长、条数等参数，我想问大神们建模的时候是需要按照实际分子的聚合度去设定链长吗？条数越多越接近实际情况吗？（所建立的晶胞尺寸会随着链长和条数变化）。如果聚合度上千的话建出来岂不是很大？曾经请教过这方面的牛人，他们说聚合物分子链链长一般只要30左右，条数5条左右就可以，建模的晶胞是连续的，所以分子链也是连续的，这种说法对吗？我知道建模越复杂，运算速度越慢，但是如果不按分子的原有链段信息建模的话，会不会造成最后结果的很大误差？
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1楼 2013-05-05 14:56:25
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zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看了很多文章，确实大家都是只是把链长设置在100以内，链条数也不是太大，不然体系太大运算速率很慢。比如说PMMA，实际的分子量大概有几十万，你建模的时候怎么可能建立这么大的体系！大部分人只是在链段控制在几十或者几百之间。体系的尺寸也不过数十A。
你提到的请教这方面的牛人说的这个原因，我不敢苟同。周期性的边界条件确实在一定程度上能够减少这种仿真与实际的误差，但不能说晶胞是连续的所以分子链也是连续的...个人观点。
如果楼主有什么更加合理的解释，不防拿来一起分享。
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人生第一个五年规划，加油咯
2楼2013-05-06 14:48:47
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luoyiwei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-05-06 14:48:47
看了很多文章，确实大家都是只是把链长设置在100以内，链条数也不是太大，不然体系太大运算速率很慢。比如说PMMA，实际的分子量大概有几十万，你建模的时候怎么可能建立这么大的体系！大部分人只是在链段控制在几十 ...

我也持怀疑态度，既然建模的时候不可能做到和实际情况一样，所以我觉得分子模拟的结果只能接近实验结果，而不能准确反映实际情况。
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3楼2013-05-06 21:25:07
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建模的时候的确可以把分子链建成连续的（也就是无限长），那个牛人没有说错
不过Ms怎么弄我不知道。。我只会弄NAMD
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4楼2013-05-07 00:31:09
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luoyiwei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-05-06 14:48:47
看了很多文章，确实大家都是只是把链长设置在100以内，链条数也不是太大，不然体系太大运算速率很慢。比如说PMMA，实际的分子量大概有几十万，你建模的时候怎么可能建立这么大的体系！大部分人只是在链段控制在几十 ...

再请问一下，计算机配置是不是很影响模拟速度？我的电脑是可怜的酷睿双核E5500，2.8GHz主频，2G内存，曾经做过一个模拟退火，好几天都算不出来结果，还有一次做NPT动力学，模拟200ps，也用了24个小时，请问如果我换成时下比较快的计算机i7处理器，是不是对模拟时间有很大的加速？
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5楼2013-05-07 15:12:44
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luoyiwei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-05-07 00:31:09
建模的时候的确可以把分子链建成连续的（也就是无限长），那个牛人没有说错
不过Ms怎么弄我不知道。。我只会弄NAMD

MS理论上也是可以画出来上万的分子链的，但是我在想有没有必要，而且是不是就真的建了上万聚合度的分子链后，模拟结果就会比普通几十的好很多，更接近实验结果？
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6楼2013-05-07 15:15:47
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zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by luoyiwei at 2013-05-07 15:12:44
再请问一下，计算机配置是不是很影响模拟速度？我的电脑是可怜的酷睿双核E5500，2.8GHz主频，2G内存，曾经做过一个模拟退火，好几天都算不出来结果，还有一次做NPT动力学，模拟200ps，也用了24个小时，请问如果我换 ...

额，一般都用服务器算。毕竟服务器跟个人电脑在计算速率上...是吧。
退火处理用的是focite模块吧，focite计算确实耗时，这个还得看你退火处理中设置的循环次数和计算精度之类。
一个200ps的NPT，不管你体系再小，几个小时甚至十几个小时还是有可能的。
最好的办法，搞个服务器16个核、32G内存什么的。算起来自然飞起..
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人生第一个五年规划，加油咯
7楼2013-05-07 16:46:20
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luoyiwei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-05-07 16:46:20
额，一般都用服务器算。毕竟服务器跟个人电脑在计算速率上...是吧。
退火处理用的是focite模块吧，focite计算确实耗时，这个还得看你退火处理中设置的循环次数和计算精度之类。
一个200ps的NPT，不管你体系再小， ...

这个不实际啊，我退火用的是AC protocols里温度多循环处理，我们实验室不是专门做模拟的，我就是用分子模拟辅助一下，想和实验结果比一下，所以不好意思申请高配电脑。
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8楼2013-05-07 21:20:02
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by luoyiwei at 2013-05-07 15:15:47
MS理论上也是可以画出来上万的分子链的，但是我在想有没有必要，而且是不是就真的建了上万聚合度的分子链后，模拟结果就会比普通几十的好很多，更接近实验结果？...

不是说画出来上万个单体的分子链，是画出一个比较短的分子链，通过设置周期性边界条件是这个盒子中的分子链和下个盒子中的分子链链接，从而形成无限长的分子链

Ps：当然建立了上万聚合度的分子链模拟结果会好，但是建多长还是根据服务器的能力量力而行就好
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9楼2013-05-08 23:57:04
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CQUTC

金虫 (小有名气)
请问如何建立纤维素的分子模型，在homopolymer里面如何设置参数才能实现，还有如果要设置它的聚合度是10又要到哪里去设置？谢谢各位了！
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10楼2013-07-15 17:16:55
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